MSMBuilder的
MSMBuilder是一个python软件包,它为高维时间序列实现了一系列统计模型。 它特别专注于生物分子动力学的原子模拟的分析。 例如,MSMBuilder已用于通过分子动力学(MD)模拟对蛋白质折叠和构象变化进行建模。 LGPL(v2.1或更高版本)提供MSMBuilder。
功能包括:
将特征提取到二面体,联系方式等中
具有多种算法的几何聚类。
使用时间结构独立成分分析(tICA)和主成分分析(PCA)进行降维。
马尔可夫状态模型(MSM)的构造
率矩阵MSM构造
隐藏马尔可夫模型(HMM)构造
时标和过渡路径分析。
在查看文档,并加入。 有关MSMBuilder的更广泛概述,请看一下我们的。
安装
对于优选的安装机构msmbuilder与conda :
$ conda install -c omnia msmbuilder
如果您没有cond
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