rnaseq_variant_calling_workflow
下载
使用以下命令克隆git存储库:
git clone https://github.com/durrantmm/rnaseq_variant_calling_workflow.git
安装
此工作流使用conda环境来满足所有必要的依赖关系。
确保您已安装anaconda。 下载。
您只需输入以下内容就可以安装工作流程:
bash install.sh
在您的控制台中。 现在是时候进行配置了。
配置
这是正确运行工作流程中非常重要的一步。
打开提供的config.yaml文件以开始使用
设置GATK和Picard执行路径
config.yaml文件的前两个参数是
gatk_path: "java -jar /path/to/GenomeAnalysisTK.jar"
picard_path: "java -jar
2023-04-23 16:56:04
9KB
Python
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