包含简易实践amber分子动力学计算方法

基于amber分子动力学: 蛋白质-蛋白质亲和力计算实作范例

野生棉二倍体物种（2n = 2x = 26）是有用特性的重要来源，例如高纤维品质，对生物和非生物胁迫的抗性等，可以渗入栽培的四倍体棉花陆地棉L（2n = 4x = 52），为其遗传改良。 非洲野生二倍体物种G. longicalyx Hutchinson和Lee可以作为纤维细度和对肾形线虫抗性的理想特性的供体。 然而，野生二倍体物种和栽培的四倍体棉的杂交遇到了三倍体的不育问题（2n = 3x = 59），这主要是由于倍性。 通过与无菌三倍体染色体的秋水仙碱加倍，产生同种六倍体（2n = 6x = 78），可以恢复生育力。 通过这种方法，获得了合成的异六倍体杂种（G. hirsutum×G. longicalyx）2。 使用表型，细胞学和分子（AFLP）分析研究了该基因型，以确认其杂种性和核型，并验证来自G. longicalyx的理想性状的表达。 研究的基因型显示出较高的花粉育性水平（83％），除较大的种子和一些较小的幼苗异常外，其大部分形态特征都介于两个亲本物种之间。 它有78条染色体，证明了它的六倍体状态。 分子分析显示，在该六倍体中有136个AFLP位点，全部来自陆地棉和长颈鹿，

N、N—二羟乙基—3—胺基—2—甲基丙酸甲酯单体的合成及结构的分子模拟，李红霞，王坤杰，应用分子模拟技术模拟真实分子体系的结构和性质来寻找目标分子，已大大推动了新材料的研制进程。本文在合成N、N—二羟乙基—3—胺

我们研究了具有耦合通道ηcΛ，J /ψΛ，DΞc，D¯sc，DΞc'，D⁎Ξc，D的等标量隐藏魅力奇异扇区中的介子-重子S波相互作用 JP = 1 / 2−中的s⁎c，D⁎Ξc′，D⁎Ξc⁎，J /ψΛ，D⁎Ξc，D¯sc，D⁎Ξc′，DΞc⁎， 3 / 2−中的DDc⁎和5 / 2−中的D⁎Ξc⁎。 我们在交互中施加了重夸克自旋对称性的约束，并通过将局部隐藏量规方法扩展到魅力领域来获得不消失的矩阵元素。 使用先前在非奇异的隐藏魅力区域中使用的相同的介子-重子-回路调节器，可以使紫外线散度重新归一化，从而可以很好地再现新发现的五夸克态的性质。 我们获得了1 / 2-的五个状态，3 / 2-的四个状态和5 / 2-的一个状态，可以在不久的将来与即将进行的LHCb实验进行比较。 5 / 2-，3 / 2-中的三个和1 / 2-中的另外三个谐振源于等量D'（⁎）Ξc'和D'（⁎）Ξc⁎相互作用。 它们应位于相应阈值（4446、4513、4588和4655 MeV）之下仅几MeV的位置，并且应该是等位旋1/2 D（⁎）Σc（⁎）准结合状态的SU（3）兄弟姐妹。 以前的发现，这为Pc（444

我们考虑D（（*）Σc（*）状态，以及J /ψN和其他耦合通道，并采取与重夸克自旋对称性相一致的相互作用，并从局部隐藏量规方法的扩展获得动力输入。 通过仅将一个参数拟合到LHCb协作组织报告的最近三个五夸克状态，我们就可以根据质量和宽度重现其中的三个，提供它们的量子数和近似的分子结构为1 / 2-D。 ∑c，1 /2-D¯*Σc和3 /2-D¯*Σc，且同位旋I = 1/2。 我们发现3 / 2-D¯Σc*结构的4374 MeV附近的另一种状态，在实验光谱中出现了指示。 在4520 MeV附近还发现了另外两个性质为1 / 2-D¯∑c *和3 / 2-D¯∑c *的近简并状态，尽管状态不太清楚，但与观察到的光谱不兼容。 另外，在相同能量下会出现5 / 2-D¯*Σc*状态，但是不会在S波中耦合到J /ψp，因此，预计不会在LHCb实验中出现。

在这项研究中，从日本的天然水生环境中分离并鉴定了具有广泛pH耐受性的酵母。 尽管工业需求尚未得到满足，但仅报道了一些耐碱酵母的基础和应用研究。 首先，我们调查了pH 7.6-9.4的天然水生环境中的耐碱酵母。 我们从7个属和9个物种中分离了35个在pH 9.0培养基中生长的酵母菌株：25个菌株（N1，N2，通过N6，N9，K1，K3到K19）是Rhodotorula mucilaginosa； 一株（N7）为河豚假单胞菌； 其中一株（N8）是斯氏杆菌。 其中两个（N10和N13）是异常Wicherhamonyces。 其中一个（N11）是Saberus； 一个（S1）是Candida sp .； 两个（S2和S4）是中间念珠菌； 一个（S3）是假丝酵母。 一个（K2）是隐球菌液化。 我们检查了pH对代表性酵母菌株生长的影响。 菌株K12和S4在pH 3-10下显示高生长。菌株N7，N8，N10，N11和S3在pH 3-9下显示高生长。菌株K2和S1在pH 4-8下显示高生长。该菌株具有从pH 3-5的酸性介质到pH 6-8的中和活性。我们先前从极端酸化的环境中分离了耐酸酵母（隐球菌T1

VASP是使用赝势和平面波基组，进行第一定律分子动力学计算的软件包。VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

性质：

以平面波为基础的自洽赝势积分方法；
超软赝势；
最新引用Blochl的全电子投影扩张波（PAW）方法，覆盖了周期表中的所有元素；
局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA)；
旋转限制和旋转极化；
应用到块状体系、表面和界面；
总能量，力场和全压力张量；
格参数和原子位置的同时松弛；
从头分子动力学；
产生Monkhorst-Pack特殊K点；
设计定位，旋转和局域波的态密度；
费米水平的部分态密度；
电荷密度旋转密度；
轨道和轨道密度。


操作平台:Linux/Unix

合成了一系列取代的2-（2-羟基苯基亚氨基）酚（salen）衍生物（1-4），并通过分析，FT-IR，UV-Vis和13C {1H} -NMR表征了所得化合物的结构。 。 使用D3和B3LYP / 6-311G（d，p）含量计算出所报道化合物的几何结构优化，频率（IR），NMR，电子特征，前沿分子轨道（HOMO-LUMO）和首次静态超极化率（βtot）研究理论。 计算出的HOMO和LUMO能量表明，分子内发生了电荷转移，并且从MEP中可以解释分子的稳定性和键强度。 除了HOMO-LUMO轨道之间的能隙（ΔEgap）对第一个静态超极化率（βtot）的影响外，我们还计算了所有salen化合物的ΔEgap。 这些结果表明，HOMO-LUMOΔEgap越小，βtot越大。

2,6-萘二甲酸（2,6-NDA）是合成聚酯新材料聚萘二甲酸乙二醇酯（PEN）的重要单体，2,6-NDA结构的高度对称性使得PEN具有直链聚合物的特性，这种特性使得PEN在耐热性、阻气性能和化学稳定性等方面具备非常优越的性能。2,6-NDA的合成可通过氧化2-甲基-6-酰基萘得到，其制备过程中的关键步骤为β-甲基萘的酰基化反应。为了揭示β-甲基萘的酰基化反应过程和机理，本文以Lewis酸AlCl3为催化剂，采用丙酰氯和硝基苯分别作为酰化剂和溶剂对β-甲基萘的酰基化反应进行详细研究。β-甲基萘的酰基化反应结果表明，25℃下控制原料摩尔比n(β-甲基萘) : n(丙酰氯) : (AlCl3) = 1:1.4:1.7，在丙酰氯过量的前提下酰化反应5小时β-甲基萘的转化率为92.53%，目标产物选择性达89.98%，反应得到的酰化粗品用15%的甲醇水溶液进行重结晶精制可得到纯度为99.99%的酰化纯品。采用气相色谱（GC）、质谱（MS）、红外（IR）、核磁（1H-NMR、13C-NMR）及二维核磁解析（g-COSY）对酰化纯品的分子结构进行了详细表征，分析了酰基化产物的官能团信息和分子结构骨架