CRN ++：分子编程语言
该项目包含CRN ++语言的实现。 CRN ++是用于对确定性（质量作用）化学动力学进行编程以执行计算的语言。 该项目包含一个将CRN ++程序转换为化学React的编译器，以及用于化学React网络仿真的仿真框架。 我们依靠David Soloveichik开发的Mathematica来模拟化学React网络。
出版物
如果您想更深入地了解我们的技术是如何工作的，请查看我们的。 另外，如果您想在学术出版物中引用CRN ++，请通过添加以下bibtex条目来引用我们的期刊出版物：
@article{vasic2020crn++,
title={CRN++: Molecular programming language},
author={Vasi{\'c}, Marko and Soloveichik, David and Khurshid, Sar
2022-05-21 09:37:38
461KB
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GPUMD
什么是GPUMD ？
GPUMD代表图形处理单元分子动力学。它是在图形处理单元（GPU）上完全实现的通用分子动力学（MD）代码。
通过使用GPU [1]，可以大大提高对多体势的力评估[1]，这要归功于参考文献中得出的一组简单的力，病毒应力和热流表达式。 [2，3]。
除了高效之外，GPUMD的另一个独特功能是它具有研究热传输的有用工具[2，3，4，5]。
先决条件
您需要具有计算能力不低于3.5的GPU卡以及不低于CUDA 9.0的CUDA工具包。
适用于Linux（带有GCC）和Windows（带有MSVC）操作系统。
编译GPUMD
转到src目录，然后输入make 。编译完成后，将在src目录中生成两个可执行文件gpumd和phonon 。
运行GPUMD
转到目录src 。
键入src/gpumd < examples/input_gpumd.txt来运行exampl
2022-05-17 19:23:59
16.02MB
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一种数据驱动的方法来系统地和可重复地优化力场参数
特征：
有效采用并行性以使用并行模拟器执行采样
所选模拟器支持的力场功能形式的多种选择
灵活包含不同物理特性作为参考数据
模块化设计，方便用户自定义扩展：
客观函数形式
采样方法/力场势函数形式
优化算法
所需软件：
一个编译好的 MD/MC 包可执行（已经支持 LAMMPS）
Slurm 工作负载管理器（或同等产品）
Python 3.7
其他 Python 库：pytest==5.4.2、numpy==1.18.1
英特尔 Fortran 编译器（> 18.0.3 版）。 gfortran (4.8.5) 也能成功编译，但程序可能无法使用长绝对文件路径。
在 Linux 上安装：
conda 是推荐的包管理器。 如果未找到“conda”或需要 root 权限，您可以将 anaconda： ://www.anaconda
2022-05-17 10:08:48
653.22MB
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Three-Dimensionally Embedded Graph Convolutional Network (3DGCN) for Molecule Interpretation
2022-05-10 16:03:53
23.13MB
人工智能-机器学习-金属有机骨架材料中流体吸附性质的量化计算与分子模拟研究.pdf
2022-05-08 19:08:28
5.71MB