西西李斯特菌-莫尔塞罗 Kristoffer Kiil 的单核细胞增生李斯特菌的分子血清分型脚本 要求：路径中的python3和bwa 用法： Molsero.py -p primes.fsa contigfile.fsa 输出：输出检测到的条带及其各自的大小，并打印预测的血清型。 如果模式与血清型不匹配，则会打印 Eureka。

内容概要：本文为中国科学技术大学《生化和分子生物学实验原理Ⅰ》的考试复习资料，涵盖多项核心实验技术的原理与应用，包括色谱法、电泳技术、质谱分析、核磁共振（NMR）、X射线晶体学、单颗粒冷冻电镜、实时荧光定量PCR（qPCR）、分子克隆及蛋白质表达纯化等。详细解释了各类技术的基本原理、关键参数、操作流程及实际应用场景，并结合名词解释、选择题和问答题等形式梳理重点知识点，旨在帮助学生系统掌握生化与分子生物学领域的常用实验方法及其理论基础。 适合人群：生命科学、生物化学及相关专业的本科生或研究生，具备一定生物化学和分子生物学基础知识的学习者。 使用场景及目标：①备考《生化原理与应用》课程考试，重点掌握实验技术的原理与细节；②深入理解如qPCR定量依据、SDS-PAGE与Native-PAGE区别、色谱分离机制、结构生物学三大技术比较等高频考点；③提升对现代生物实验技术（如CRISPR、蛋白纯化策略、荧光蛋白选择）的理解与综合分析能力。 阅读建议：建议结合授课PPT反复研读，重点关注填空题、名词解释和简答题部分，强化记忆细节；对于复杂原理（如CTF校正、NMR化学位移、酶抑制类型）应配合图表理解；通过历年试题检验复习效果，注重概念辨析与实际应用。

该研究旨在评估绿藻Ulva lactuca和药用植物Nigella sativa提取物对金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌活性的影响。 用粗提取物孵育细菌，并在培养基中测量细胞外游离钾和磷离子。 用N. sativa提取物处理的金黄色葡萄球菌培养基中的钾和磷含量最高。 发现与U. lactuca提取物一起培养的铜绿假单胞菌培养基中磷含量最低，钾含量最高。 绿脓杆菌提取物对铜绿假单胞菌具有最高活性，据估计可导致细菌的干重和葡萄糖消耗降低，分别降低了28.41％和41.09％。 紫花苜蓿提取物的抗菌活性对金黄色葡萄球菌最大，其细菌干重和葡萄糖吸收分别降低了32.59％和39.96％。 扫描电子显微镜研究显示了处理过的细菌的细胞壁的形态变化。 用经测试的提取物处理细菌可诱导基因突变。 结果评估了U. lactuca和N. sativa作为药理作用来源的可能应用。

采用溶液聚合合成了苯乙烯-甲基丙烯酸缩水甘油酯-甲基丙烯酸甲酯三元共聚物扩链剂,考察了甲基丙烯酸缩水甘油酯添加量与扩链剂环氧当量的关系、反应温度与扩链剂重均相对分子质量和收率的关系以及扩链剂重均相对分子质量与扩链效果之间的关系。用红外光谱和示差扫描量热法(DSC)对扩链剂的结构和玻璃化温度进行了表征。

软件介绍: DNAMAN 9 英文注册版安装说明：1. 先双击Setup.exe安装原版，完成先不要运行DNAMAN；2. 复制DNAMAN.exe 复制到安装目录下（默认目录为C:\Program Files (x86)\DNAMAN\），替换同名文件即可；DNAMAN是一款专业的生物学软件，能够核苷酸序列，蛋白质序列等进行比对以及相应分析。

"分子动力学模拟 可视化 ovito-2.9.0" 涉及的是一个专业级别的分子模拟软件，Ovito。这个版本2.9.0是针对分子动力学模拟数据进行可视化处理的重要工具。Ovito在科学计算领域，特别是材料科学和化学中广泛应用，它能够帮助研究人员理解和分析复杂的分子结构和动态行为。 "增加了ovito Pro 版本的功能" 提示我们，这个版本相比于之前的Ovito基础版，增添了更多专业特性。这可能包括高级分析工具、增强的性能、新的可视化选项或者是用户界面的改进。Ovito Pro通常是为了满足那些需要更强大功能和更高效处理大量数据的专业用户设计的，这些新功能将提升科研人员的工作效率和研究深度。 "安装包" 暗示这是一个可以下载并安装在计算机上的程序。这个压缩包包含了所有必要的文件和组件，用户可以通过解压和按照指示进行安装，以在本地环境中运行Ovito软件。 【压缩包子文件的文件名称列表】： - `LICENSE.txt`: 这个文件通常包含软件的许可协议，详细说明了用户可以如何使用、分发和修改软件。对于开源软件，这可能是GPL、MIT或Apache等许可证。 - `README.txt`: 这是一个重要的文档，提供了软件的基本信息、安装指南、使用提示以及可能的故障排除步骤。 - `DLLs`: Dynamic Link Libraries，这是Windows操作系统中的共享库文件，包含可被多个程序调用的函数和资源。 - `plugins`: 插件文件夹，可能包含了Ovito支持的各种扩展功能，如特定的分析模块或者可视化特效。 - `doc`: 文档文件夹，通常包含软件的用户手册、API参考或其他教育材料，帮助用户更好地理解和使用Ovito。 - `Lib`: 库文件夹，可能包含了软件运行所必需的库文件和其他依赖。 Ovito-2.9.0是一个专为分子动力学模拟而设计的高级可视化工具，其Pro版本提供了额外的功能，以适应更复杂的研究需求。通过安装包提供的文件，用户不仅可以安装和运行Ovito，还能获取软件的使用许可信息、了解使用方法，并利用插件和库文件进行自定义和扩展。这对于科学家和工程师来说，是进行材料性质探究和分子模拟研究的强大助手。

采用分子模拟的方法研究表面活性剂的泡沫生成能力,以界面形成能作为考察泡沫体系中液膜界面积的量化依据,研究了泡沫液膜厚度、表面活性剂分子界面密度以及表面活性剂类型对泡沫液膜界面形成能计算的影响.通过与实验结果相对应,建立了界面形成能和泡沫生成能力之间的联系.

适用于lammps的扩展包QUIP，建立GAP势函数的必要文件。 A pair_style quip command which wraps the QUIP libAtoms library, which includes a variety of interatomic poten-tials, including Gaussian Approximation Potential (GAP) models developed by the Cambridge University group. To use this package you must have the QUIP libAtoms library available on your system. Author: Albert Bartok (Cambridge University)

基于结构的新双氯芬酸设计：理化、光谱、分子对接、动力学模拟和ADMET研究 本研究旨在设计新的双氯芬酸结构，以减少副作用，提高安全性。通过在核心结构的不同位置插入新的官能团，如CH3、OCH3、F、CF3、OCF3、Cl、OH、COOH、NH2、CH2NH2、CONH2、NHCOCH3，并进行几何优化、光谱计算和分子对接、动力学模拟、ADMET研究。 双氯芬酸是一个非甾体抗炎药，常用于镇痛、解热和抗炎治疗。然而，它也显示出一些严重的副作用，如对人体和其他生物的肾脏、胃肠道和心血管损伤。如果长期服用高剂量，它也会引起胃肠道副作用，如出血和穿孔。肝脏毒性也是与口服双氯芬酸相关的另一个问题。 为了提高其安全性，已经尝试设计一些新的潜在药物，以减少副作用，具有更好的药用作用。计算机辅助药物设计可以帮助设计新的药物结构，预测药物的生物学活性和毒性。 在本研究中，我们使用了计算机辅助药物设计、分子对接和动力学模拟来设计新的双氯芬酸结构。我们插入了新的官能团到核心结构的不同位置，并进行了几何优化和光谱计算。然后，我们使用分子对接和动力学模拟来预测蛋白-药物复合物的结合亲和力、键合作用和稳定性。 ADMET研究也被进行，以寻找新的双氯芬酸结构的药代动力学特性，如吸收、代谢和毒性。物理化学和光谱数据支持新的结构构象。分子对接和动力学研究揭示了药物作用的改善，药代动力学预测表明其副作用较母体药物降低且无致癌性。 本研究的结果表明，新的双氯芬酸结构具有更好的药用作用和安全性，降低了副作用的风险。这项研究为开发具有改善的临床安全性的新药提供了潜力。 此外，本研究还讨论了双氯芬酸的历史、药理学、药代动力学和毒理学特性，以及其在医疗中的应用和副作用。同时，本研究也强调了计算机辅助药物设计在药物研发中的重要性。 本研究旨在设计新的双氯芬酸结构，以减少副作用，提高安全性。本研究的结果表明，新的双氯芬酸结构具有更好的药用作用和安全性，降低了副作用的风险。这项研究为开发具有改善的临床安全性的新药提供了潜力。

分子印迹基质固相分散-液相色谱法测定水产品中的磺胺类抗生素残留，孟原，潘思静，以获得的对磺胺类抗生素（Sulfonamides, SAs）具有特异选择性的分子印迹聚合物（Molecularly imprinted polymers, MIPs）作为吸附材料，建立分子印�