SpliceAI:一种基于深度学习的工具,可识别剪接变体
如所述,该软件包注释了遗传变异及其对剪接的预测作用。
更新:基因中所有可能的替换,1个碱基插入和1-4个碱基缺失的注释可下载。 这些注释对于学术和非营利性组织都是免费的; 其他用途需获得Illumina,Inc.的商业许可。
安装
安装SpliceAI的最简单方法是通过pip或conda:
pip install spliceai
# or
conda install -c bioconda spliceai
或者,可以从安装SpliceAI:
git clone https://github.com/Illumina/SpliceAI.git
cd SpliceAI
python setup.py install
SpliceAI需要tensorflow>=1.2.0 ,最好通过pip或conda单独安装(有关其他安装选项
2021-11-26 21:04:36
15.96MB
Python
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