Strutil
strutil提供了用于计算字符串相似度的字符串度量标准以及其他字符串实用程序功能。 完整文档可在以下找到： : 。
安装
go get github.com/adrg/strutil
字符串指标
杰罗·温克勒
史密斯·沃特曼·高图
索伦森-骰子
贾卡德
重叠系数
程序包定义了StringMetric接口，该接口由所有字符串指标实现。 该接口与“ Similarity功能一起使用，该功能使用提供的字符串度量标准来计算指定字符串之间的相似度。
type StringMetric interface {
Compare ( a , b string ) float64
}
func Similarity ( a , b string , metric StringMetric ) float64 {
}
所有定义的字符串指标都可以在指标包中找到。
汉明
2023-03-01 10:47:53
24KB
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fasta算法，Smith-waterman算法，编辑距离算法，最长公共子串算法
2022-12-16 18:25:34
209KB
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Smith-Waterman算法
该程序是Smith-Waterman算法的实现。
代码示例：
用法：python hw1.py -i -s示例：python hw1.py -i input.txt -s blosum62.txt
示例输入input.txt
MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGQKKKKGKKGKKGKKGKKKGKKLFKLF
示例输出output.txt
|序列|
序列1 MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLK
2021-12-06 21:56:19
114KB
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#SSW：SIMD Smith-Waterman的Python包装器
概述
是 Smith-Waterman 算法的快速实现，它使用单指令多数据 (SIMD) 指令在 CPU 级别并行化算法。 这个存储库将 SSW 库包装成一个易于安装的高级 python 接口，没有外部库依赖项。
SSW 库由Mengyao Zhao 和Wan-Ping Lee 编写，这个python 接口由Giles Hall 维护。
安装
要安装 SSW python 包，请使用 pip：
$ pip install ssw
示例用法
import ssw
aligner = ssw.Aligner()
alignment = aligner.align(reference="ACGTGAGAATTATGGCGCTGTGATT", query="ACGTGAGAATTATGCGCTGTGATT")
print
2021-12-06 21:49:28
21KB
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使用Perl编程语言实现了双序列全局比对Needleman Wunsch算法，以及双序列局部比对Smith Waterman算法。该资源也可在github上下载：https://github.com/GouXiangJian/two_seq_alignment
2021-11-05 19:24:31
6KB
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序列对齐
C语言中的Smith-Waterman和Needleman-Wunsch对齐网址： ： 作者：艾萨克·特纳（Isaac Turner） 许可证：公共领域更新时间：2015年8月18日
关于
最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐算法的C实现。 编写为快速，便携式和易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以轻松地包含在第三方程序中，有关示例，请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括perl模块，以向程序提供perl API。
特征：
对齐任意一对ASCII序列（DNA，蛋白质，单词等）
指定比对评分系统或选择通用的评分系统（BLOSUM等）
指定与给定分数的任何字符匹配的通配符
与局部和全局对齐之间不存在不匹配（ --
2021-09-27 09:41:46
118KB
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可以使用需要重新加载biojava.jar jar包代码是全的，不会可以问我。jar包在lib目录下面
输出结果：
Global alignment with Needleman-Wunsch:
Time (ms): 3
Length: 9
Score: 0
Query: query, Length: 9
Target: target, Length: 8
Query: 1 gccctagcg 9
|| | | |
Target: 1 gcgc-aatg 8
Local alignment with Smith-Waterman:
Time (ms): 0
Length: 3
Score: 3
Query: query, Length: 9
Target: target, Length: 8
Query: 7 gcg 9
|||
Target: 1 gcg 3
2019-12-21 20:32:59
4.46MB
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