叠加3d 注：有这个库的C ++版本。 用法 def Superpose3D ( X , # <-- Nx3 array of coords for the "frozen" point cloud x , # <-- Nx3 array of coords for the "mobile" point cloud # ---- optional arguments: ---- w = None , # optional weights for the calculation of RMSD allow_rescale = False , # attempt to rescale mobile point cloud? report_quaternion = False ) # report rotation angle and axis? Superpose3D（）接收两个xyz坐标

使用旋转计算两个分子的均方根偏差（RMSD） 使用.xyz或.pdb格式的两个笛卡尔坐标之间的旋转，使用Kabsch算法（1976）或四元数算法（1991）计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。 有关更多信息，请阅读和。 动机 您拥有分子A和B，并想要计算两者之间的结构差异。 如果仅直接计算 ，则可能会产生太大的值，如下所示。 您需要首先使这两个分子重新居中，然后将它们彼此旋转以获得真正的最小RMSD。 这就是该脚本的作用。 没有变化 重新居中 旋转的 RMSD 2.50 RMSD 1.07 RMSD 0.25 引文 实施方式： 使用旋转计算两个分子的均方根偏差（RMSD），GitHub， ， Kabsch算法： Kabsch W.，1976年，“最佳旋转与两个向量相关联的解决方案”，《晶体学报》，A32：922-

RMSD_分析 计算RMSD的几种方法： 发散，其中第一帧为参考； 连续的，比较两个相邻的帧； 收敛，最后一帧为参考； 稳定，假设以任意帧为参考，假设该帧位于仿真周期的中间区域，并且可能是稳定的构象。

计算核酸backbone的RMSD的TCL脚本 一般在VMD中使用 The protein backbone is defined as C, N, and O atoms composed of the amide bonds, and the RNA backbone is defined as C, O, and P atoms composed of sugar-phosphate moieties.