PHYLIP软件是一个免费的集成的进化分析工具，有华盛顿大学遗传学系Joseph felsenstein 编写，1980年首次释放，目前已经升级到3.6.7版本。PHYLIP包含了35个程序，这些程序基本上囊括了系统发生分析方面的所有方面，并且可以在很多平台上运行。包括分子程序组、距离程序组、基因频率组、连续字符组、不连续字符组和进化树绘制组。

vcf2phylip 将VCF格式的SNP转换为PHYLIP，NEXUS，二进制NEXUS或FASTA比对以进行系统发育分析 简要描述;简介 该脚本以VCF文件作为输入，并将使用SNP基因型创建PHYLIP（松弛版本），FASTA，NEXUS或二进制NEXUS格式的系统发育分析矩阵。 对于杂合SNP，已达成共识，并将IUPAC核苷酸歧义码写入最终矩阵（ces），允许任何倍性水平并自动检测。 该代码针对大型VCF矩阵（数百个样本和数百万个基因型）进行了优化，例如，在我们的测试中，它在约27分钟内处理了20GB VCF（约300万个SNP x 650个个体）。 该脚本的初始版本仅产生了PHYLIP矩阵，但现在我们添加了其他流行的格式，包括使用BEAST中的SNAPP插件运行SNP分析的二进制NEXUS文件（仅适用于二倍体基因型）。 此外，您可以为每个SNP选择最少数量的样本，以控制丢失数