2018-PacBio Technology and Application .pdf
2021-08-04 14:04:05
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HASLR：长读的快速混合组装
介绍
HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。 HASLR是一种混合工具，这意味着它需要使用同一样品的第三代测序技术（例如PacBio或Oxford Nanopore）生成的长读本以及下一代测序读物（例如Illumina）。 HASLR能够在单个计算节点上组装大型基因组。 我们的实验表明，使用64个CPU线程，它可以在不到10小时的时间内组装CHM1人类数据集。
安装
要求
GCC≥4.8.5
Python3
zlib
依存关系
HASLR依赖于以下将自动安装的工具：
用于共识阅读长篇文章
用于组装短读
用于将短阅读重叠群与长阅读对齐
用于FASTA / Q操作
使用conda
可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR：
conda install -c bioconda haslr
从源头建造
git clo
2021-03-08 20:06:08
85KB
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