GPUMD 什么是GPUMD ？ GPUMD代表图形处理单元分子动力学。它是在图形处理单元（GPU）上完全实现的通用分子动力学（MD）代码。 通过使用GPU [1]，可以大大提高对多体势的力评估[1]，这要归功于参考文献中得出的一组简单的力，病毒应力和热流表达式。 [2，3]。 除了高效之外，GPUMD的另一个独特功能是它具有研究热传输的有用工具[2，3，4，5]。 先决条件 您需要具有计算能力不低于3.5的GPU卡以及不低于CUDA 9.0的CUDA工具包。 适用于Linux（带有GCC）和Windows（带有MSVC）操作系统。 编译GPUMD 转到src目录，然后输入make 。编译完成后，将在src目录中生成两个可执行文件gpumd和phonon 。 运行GPUMD 转到目录src 。 键入src/gpumd < examples/input_gpumd.txt来运行exampl

呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open Babel，ParmEd，PDB2PQR，pdbfixer，RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便，可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它，请运行以下命令： conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本（请谨慎使用）： conda install -c con

分子动力学模拟最为经典的一本书。 Contents: 1 Introduction 1 1.1 Historical background 1 1.2 Computer simulation 2 1.3 Molecular dynamics 4 1.4 Organization 8 1.5 Further reading 10 2 Basic molecular dynamics 11 2.1 Introduction 11 2.2 Soft-disk fluid 11 2.3 Methodology 18 2.4 Programming 20 2.5 Results 34 2.6 Further study 43 3 Simulating simple systems 44 3.1 Introduction 44 3.2 Equations of motion 44 3.3 Potential functions 46 3.4 Interaction computations 49 3.5 Integration methods 60 3.6 Initial state 67 3.7 Performance measurements 74 3.8 Trajectory sensitivity 77 3.9 Further study 82 v vi Contents 4 Equilibrium properties of simple fluids 83 4.1 Introduction 83 4.2 Thermodynamic measurements 84 4.3 Structure 90 4.4 Packing studies 96 4.5 Cluster analysis 112 4.6 Further study 118 5 Dynamical properties of simple fluids 120 5.1 Introduction 120 5.2 Transport coefficients 120 5.3 Measuring transport coefficients 124 5.4 Space–time correlation functions 134 5.5 Measurements 145 5.6 Further study 152 6 Alternative ensembles 153 6.1 Introduction 153 6.2 Feedback methods 154 6.3 Constraint methods 165 6.4 Further study 174 7 Nonequilibrium dynamics 176 7.1 Introduction 176 7.2 Homogeneous and inhomogeneous systems 176 7.3 Direct measurement 177 7.4 Modified dynamics 188 7.5 Further study 198 8 Rigid molecules 199 8.1 Introduction 199 8.2 Dynamics 200 8.3 Molecular construction 216 8.4 Measurements 222 8.5 Rotation matrix representation 232 8.6 Further study 243 9 Flexible molecules 245 9.1 Introduction 245 9.2 Description of molecule 245 9.3 Implementation details 247 9.4 Properties 251 9.5 Modeling structure formation 256 Contents vii 9.6 Surfactant models 257 9.7 Surfactant behavior 262 9.8 Further study 266 10 Geometrically constrained molecules 267 10.1 Introduction 267 10.2 Geometric constraints 267 10.3 Solving the constraint problem 270 10.4 Internal forces 278 10.5 Implementation details 286 10.6 Measurements 291 10.7 Further study 294 11 Internal coordinates 296 11.1 Introd

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The Art of Molecular Dynamics Simulation 第二版的源码 非常经典！