NLP医疗保健 使用MIMIC III中的结构化和非结构化数据预测30天ICU再次入院 数据处理 结构化数据 结构化网络的ETL过程可以在结构目录中找到在structured_etl_part1.scala和structured_etl_part2.py 非结构化数据 非结构化数据的所有数据处理脚本都包含在dataproc目录中。 使用data_processing_script.py处理NOTEEVENTS以获取单词向量。 使用get_discharge_summaries.py编写放电汇总 使用build_vocab.py从放电摘要构建vocab。 使用word_embeddings.py在所有单词上训练单词嵌入。 使用extract_wvs.py中的gensim_to_embeddings方法,用我们的vocab编写经过训练的单词嵌入。 造型 结构化网络 在struc_net
2024-01-12 16:29:11 68KB Python
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MGP-TCN用于MIMIC数据集的败血症预测 该存储库包含有关论文的败血症预测的代码(用于标记,提取和建议的方法的代码): @InProceedings{moor2019early, title = {Early Recognition of Sepsis with Gaussian Process Temporal Convolutional Networks and Dynamic Time Warping}, author = {Moor, Michael and Horn, Max and Rieck, Bastian and Roqueiro, Damian and Borgwardt, Karsten}, booktitle = {Proceedings of the 4th Machine Learning for Healthcare Conference
2023-02-28 16:43:39 105KB Python
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模仿自然界的雪花的程序-mimic natural snow procedures
2022-11-21 15:19:43 911B 雪花
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使用MIMIC-IV中的影像报告数据,基于pytorch搭建transformer神经网络,使用gensim的word2vec包训练词向量配合pytorch使用,进行英文影像报告的分类。 更加详细的资源介绍参见https://blog.csdn.net/weixin_46523923/article/details/122644174
2022-08-14 09:08:41 2.96MB pytorch word2vec transformer python
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用于MIMICIII数据库的检索代码,用于检索患者的基本信息等方面的资料,该方面的检索资料可用于mimic数据库中患者信息检索用。
2022-05-18 21:12:27 281B MIMIC SEPSIS
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MIMIC 重症监护数据库的网站和文档 在本地运行网站的说明 安装 Go 和 Hugo。有关说明,请参阅: http: //gohugo.io/overview/installing/ 克隆网站存储库: git clone --recursive https://github.com/MIT-LCP/mimic-website.git 在命令行运行hugo server以构建网站并提供页面; 查看网址:http: //127.0.0.1 :1313 网站部署注意事项 自动构建尚未实现。 网站或 MIMIC 的问题 请在模仿代码库中提出与网站或 MIMIC-III 相关的问题。
2022-05-08 09:04:22 9.18MB 数据库 源码软件 database
多参数智能监测数据库(MIMIC-III)是一个免费开放的、公共资源的重症监护室研究数据库。 内容概要:本资源包含数据集中的三个表格,PATIENTS,CHARTEVENTS和LABEVENTS,表格的说明可参考 https://mimic.physionet.org/mimictables/patients/ https://mimic.physionet.org/mimictables/chartevents/ https://mimic.physionet.org/mimictables/labevents/ 适合人群:机器学习相关研究人员
2022-05-02 11:06:52 369.26MB 数据库 database 数据集
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模仿iv 收集用于改善患者护理的医疗数据 设置 安装git并签出[git代码存储库] 安装 Python版本3.6+ 将工作目录更改为git代码存储库根目录 创建自包含的conda环境。 在终端中,转到git代码存储库根目录,然后输入以下命令: conda env create --file conda_env.yml src下的所有python模块都必须可用于其他脚本。 这可以通过两种方法来完成。 您可以通过执行以下setup.py命令来设置和安装python模块,该命令会将软件包安装到conda环境site-packages文件夹中,但带有指向src文件夹的符号链接,因此修改将立即反映出来。 python setup.py develop 另外,您可能更喜欢直接从控制台,笔记本电脑,测试脚本等中设置python路径。在Pycharm中,您也可以右键单击src文件夹,然后选
2022-01-30 12:02:26 552KB JupyterNotebook
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拟态查询 将mimic-iv查询放在公共数据库中以将数据重构为败血症标签和模型训练所需的模式,格式类似于2019 Physionet Challenge在败血症的早期预测中 一些探索性统计 查询如下:MIMIC-IV中有76384个唯一的icu停留时间(截至2021年4月2日,在MIMIC-IV BigQuery数据库上,这是MIMIC-IV项目页面上的最新版本),查询方式为: SELECT count(distinct (hadm_id + subject_id + stay_id)) FROM physionet-data.mimic_icu.icustays 相比之下,MIMIC-III仅具有52264个唯一的icustays,可通过以下方式查询: SELECT count(distinct (hadm_id + subject_id + icustay_id)) FROM phys
2022-01-30 11:52:53 10KB
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使用MIMIC-IV中的影像报告数据,基于pytorch搭建transformer神经网络,使用gensim的word2vec包训练词向量配合pytorch使用,进行英文影像报告的分类。 更加详细的资源介绍参见https://blog.csdn.net/weixin_46523923/article/details/122644174
2022-01-25 09:14:20 2.96MB pytorch word2vec transformer python