微生物
使用dada2和phyloseq进行微生物群落分析的R包
微生物是使用dada2和phyloseq进行微生物群落分析的R软件包，该软件包旨在通过提供简单的功能来分析和可视化16S rRNA数据来增强R中可用的统计分析程序。用法和依赖关系。
1.数据格式/要求
要使用该软件包，用户可以从准备好样品信息的原始fastq文件开始，或者用户可以从包含分类群丰度信息，分类法分配，样品数据的phyloseq对象（phloseq类）开始，样品数据是所测量的环境变量与任何其他参数的组合样本中存在分类变量。
如果系统发育树可用，它也可以成为其中的一部分，但与到目前为止实现的大多数功能无关。 我们选择使用这种格式是因为随着分析和可视化的进行，我们有很多处理数据的选项。用户可以转到检查phyloseq对象的详细格式。
2示例数据
physeq数据是每个样品中数百万个序列的深度处的16S rRNA多样
2024-02-28 09:11:51
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#2.4_微生物遗传算法_Microbial_Genetic_Algorithm_(机器学习_进化算法_Evolutionary
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hybridization probes to microbial ecology.pdf
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Best practices for evaluating variant calling methods for microbial
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