Rust 中的 Fastq 配对算法 尝试对不同的 fastq 配对方法进行基准测试，以确定内存和运行时之间的权衡。 方法 描述 资源 存储读取 迭代 R1 并存储。迭代 R2 并写出。 两者兼而有之 同时遍历 R1/R2。找到成对的写入/弹出哈希图。 寻读 将标头散列到字节位置。迭代 R2 并寻找 R1 写出对。 Seek-Iter-Both 遍历 R1/R2 存储字节位置。查找/写入/弹出哈希图作为对。

GC含量 此Web应用程序使用ASP.NET Core和Javascript基于Fastq文件创建质量控制图，将FASTQ文件从本地系统上传到服务器，并计算GC对的基本计数，并使用Javascript TODO将其绘制。TODO的下载和上传路径应相同TODO移动从Controller到Model TODO的计算重构Controller类TODO读取make数组类或进行分离TODO ...

转录组范围内对经典或替代性活化巨噬细胞的分析 概括 下一代测序（NGS）彻底改变了基于系统的细胞途径分析。 这项研究的目的是比较NGS衍生的人类M1和M2样巨噬细胞分析（RNA-seq）与微阵列和定量逆转录聚合酶链React（qRT-PCR）方法，并建立人类巨噬细胞的高分辨率转录组。 从经典和其他活化的人类巨噬细胞中分离总RNA.mRNA谱图是通过使用Illumina HiSeqSQ对3个供体的M1和M2巨噬细胞进行深度测序而生成的。 通过两种方法在转录亚型水平上分析了通过质量过滤器的序列读数：Casava1.8和TopHat，然后进行袖扣连接。 使用LightCycler和SYBR Green分析法进行qRT-PCR验证。 标题 geo_accession source_name_ch1 有机体_ch1 跑步 SRA_样本 cell_type 团体 M1_1 M1_1 G

一些火焰图，

fastq-scan从 STDIN 读取 FASTQ 并以 JSON 格式输出汇总统计信息（读取长度、每次读取质量、每个碱基质量）。 快速扫描 我想要一种以 JSON 格式输出输入 FASTQ 的简单汇总统计信息的快速方法。 有（可能更好）的替代方案，包括和 ，但它们没有输出我想要的 JSON。 在谷歌搜索后，我偶然发现了映泰的问题： . 在这个问题中，我使用了来自 Pierre Lindenbaum 的 C++ 解决方案的代码作为这个程序的基础。 安装 Bioconda fastq-scan在上。 conda install -c bioconda fastq-scan 从源头 git clone git@github.com:rpetit3/fastq-scan.git cd fastq-scan make 这将使用 g++ 编译程序，我会让你处理把它放在哪里。 我已经在 g

来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了，特在此分享。

从Python高效处理FASTQ文件