瓦吉诺
用于全基因组测序数据和大型SNP数据库的Fase SNP基因分型工具。
从Bioconda安装
可以使用命令conda install vargeno从Bioconda conda install vargeno 。
请转到以获取有关Bioconda的更多信息。
如果您尚未 ,则可以 。
快速使用
VarGeno作为输入:
FASTA文件格式的参考基因组序列。
以VCF文件格式进行基因分型的SNP列表。
以FASTQ文件格式从供体基因组测序测序。
在对个体进行基因分型之前,必须使用以下命令为参考和SNP列表构建索引:
vargeno index ref.fa snp.vc
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