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gnina（发音为NEE-na）是一个分子对接程序，具有使用卷积神经网络对配体进行评分和优化的综合支持。 这是的叉子，是的叉子。 帮助 请。 提供一个示例Colab笔记本，其中显示了如何使用gnina。 引文 如果您发现gnina有用，请引用我们的论文： GNINA 1.0：分子对接与深度学习（主要应用引用） 阿McNutt，P Francoeur，R Aggarwal，T Masuda，R Meli，M Ragoza，J Sunseri，DR Koes。 ChemRxiv，2021年 卷积神经网络的蛋白质配体评分（主要方法引用） M Ragoza，J Hochuli，E Idrobo，J Sunseri，DR Koes。 J.化学。 Inf。 模型，2017 基于原子网格的卷积神经网络的配体姿态优化M Ragoza，L Turner和DR Koes。 分子与材料的机器学习NIP

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该书从基因、RNA、蛋白质、表观遗传学四个方面介绍计算生物学和生物信息学知识、案例。作者是Ka-Chun Wong。该电子书文字可复制。

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精确计算球体和网格单元的重叠体积和面积 计算球体与通常使用的网格元素（例如四面体或六面体）之一的相交或重叠体积是令人惊讶的挑战。 这个仅标头的库实现了一种数字健壮的方法来确定此卷。 该代码中使用的数学表达式和算法在进行了描述。 因此，如果您在产生任何出版物的项目中使用该代码，请引用本文。 利用用于计算重叠体积的概念和例程，也可以使用此库来计算球体的相交或重叠区域以及网格元素的小平面。 用法 支持的原语 重叠计算直接支持以下元素类型： 四面体（4个节点/顶点，数据类型为Tetrahedron ） 五面体/楔形/三角棱镜（5个节点/顶点，数据类型为Wedge ） hexahedra（6个节点/顶点，数据类型为Hexahedron ） 元素必须是凸形的，并且必须指定为三维节点/顶点的列表，而球体（数据类型Sphere ）则需要一个中心点和半径。 节点排序 重叠库的元素类型遵循项目的

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