V3摘要统计信息 从上一轮GWAS的（N = 337199）， 目录 更新 通过重新发布UK Biobank基因型估算（我们称其为impulated-v3），我们为遗传学界生成了一套更新的GWAS摘要统计信息。 应用UKB31063和addtl增加了表型的数量。 自定义策展表型（请参阅估算的v3表型） 更自由地包含样本（请参阅估算的v3样本质量控制） 包含更多SNP（请参阅估算的v3变体质量控制） 更新了我们的关联模型（impted-v3关联模型）我们最大的变化是，对于所有表型，我们都运行了仅雌性和雄性GWAS以及完整的GWAS。 上一轮GWAS的信息和脚本可在子目录中找到 最后， 和脚本存储库是指用于运行GWAS的Hail版本 变更记录 Rapid GWAS摘要统计信息的更新或下载清单将在此处记录： 2021年1月 目前，我们的DropBox帐户遇到问题并正在解决。 感谢您

乌克布兰格尔 -:construction:正在施工:construction:- 概述 ukbwranglr的目标是利用UK Biobank表型数据促进探索性分析。 原始UK Biobank表型文件中的某些列可以通过人类可读的标签加载到R中： 原始数据外观： #> eid 31-0.0 34-0.0 21000-0.0 20002-0.0 21001-0.0 #> 1: fake1 0 1952 NA 1665 20.1115 #> 2: fake2 0 1946 4001 1383 30.1536 #> 3: fake3 1 1951 3 1197 22.8495 #> 4: fake4 0 1956 NA 1441 23.4904 #> 5: fake5

R包ukbnmr UK Biobank中用于处理Nightingale NMR生物标志物数据的工具 该软件包提供了用于处理NMR代谢组学数据的实用程序。 当前有两个主要功能： extract_biomarkers()和compute_nightingale_ratios() 。 extract_biomarkers()函数将采用输出的原始数据集，提取NMR生物标志物字段，并 提供简短的列名。 度量也分为多行，参与者在基线和首次重复评估中都具有度量。 compute_nightingale_ratios()函数将从168种生物标记物中计算出，这些生物标记可从下载。 这个包还提供了data.frame的生物标记信息，加载nmr_info 。 安装 可以使用remotes软件包从GitHub安装此软件包： remotes::install_github("sritchie73/ukbn

ukbtools 使用随附的[UKB程序]（ ）下载并解密UK Biobank（UKB）数据后，您需要将多个文件汇集在一起​​，为您提供了一个可探索的数据集。 数据文件具有列名，这些列名是中编辑的字段代码。 ukbtools可以轻松地将多个UKB文件折叠到单个数据集中以进行分析，在此过程中，将为变量赋予有意义的名称。 该软件包还包括以下功能：检索ICD诊断，在UKB样本的背景下探索样本子集以及收集遗传元数据。 安装 # Install from CRAN install.packages( " ukbtools " ) # Install latest development version devtools :: install_github( " kenhanscombe/ukbtools " , dependencies = TRUE ) 先决条件：制作UKB文件集 下载§，然

OCT文件转换器 该存储库包含用于从制造商的专有文件格式中提取原始光学相干断层扫描（OCT）和眼底数据的代码。 动机 制造商使用专有数据格式存储数据通常会阻碍眼科研究。 例如，直到最近，UK Biobank项目中约200,000次OCT扫描仅以Topcon的.fds文件格式提供，这阻止了批量处理和分析。 唯一允许访问这些扫描的免费软件是 ，它是用C ++编写的，不再进行维护。 该存储库旨在提供可用的基于python的工具来读取这些专有格式。 支持的文件格式 .fds（Topcon） .fda（Topcon） .e2e（海德堡） .img（Zeiss） .dcm 安装 需要python 3.7或更高版本。 pip install oct-converter 用法 examples /中包含许多示例用法脚本。 这是读取.fds文件的示例： from oct_converter .