【Autodock Vina批量分子对接】
分子对接是生物计算领域中的一个重要技术,它用于预测小分子(如药物候选物)如何与大分子(如蛋白质)结合,这对于药物设计和发现至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件,能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象,评估其结合亲和力。
在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina和相关的工具包,首先需要确保系统是最新的,通过`sudo apt-get update`更新包列表,然后安装一系列必要的依赖项,包括图形库、Python库等。接着,下载Autodock Vina和MGLTools。MGLTools是Autodock的一套辅助工具,包含了用于处理分子数据的多种程序。
创建一个目录来存放这些软件,并按照以下步骤安装:
1. 安装Open Babel,这是一个多格式的化学转换工具,可以用来处理不同的分子文件格式。
2. 解压并安装Autodock Vina的二进制文件。
3. 安装MGLTools,运行安装脚本`python install.py`进行安装。
4. 修改vina.sh脚本,设置环境变量,确保Autodock Vina和MGLTools的路径被添加到PATH中。
5. 使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本预处理受体和配体分子,将其转化为Autodock Vina可读的格式。
6. 使用vina执行分子对接任务,通过配置文件conf.txt控制参数,如CPU数量、搜索空间等。
7. 输出结果通常为pdbqt格式,可以进一步转化为其他格式如sdf,便于后续分析。
【Slurm调度器】
Slurm(Simple Linux Utility for Resource Management)是一种广泛使用的集群作业调度系统,尤其适合高性能计算环境。在安装配置Slurm时,首先需要安装必要的库文件,包括munge服务,用于提供安全的身份验证。启动munge服务并确保其正常运行。
接着,安装Slurm工作负载管理器(slurm-wlm)、Slurm守护进程(slurmd)和Slurm控制器(slurmctld)。这三个组件是Slurm的核心部分,分别负责作业调度、节点管理和整个系统的控制。
配置Slurm的关键在于编写slurm.conf文件,该文件定义了集群的拓扑、资源分配策略和默认参数。在/etc/slurm-llnl目录下创建或编辑这个文件,根据实际的硬件配置和需求进行调整。例如,定义节点名称、节点数量、节点上的核心数、内存大小以及网络配置等。
安装完成后,启动Slurm的服务:
1. 启动slurmctld(控制器)服务。
2. 启动slurmd(节点)服务。
至此,Autodock Vina和Slurm已经安装并配置完成,可以在Slurm调度系统上批量运行Autodock Vina进行分子对接任务,有效利用集群的计算资源,提高研究效率。
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