焦点 使用GTEx的eQTL协会结果探索GWAS结果 该Web应用程序将通过与整合到单个交互式图中，并通过应用进行可视化，使GWAS结果的探索和注释能够评估哪些基因和组织是GWAS信号最可能的候选者。结果显示在热图上。 此外，用户可以上传其他数据集以测试共定位。 例如，可以上传其他表型关联（即PheWAS）以评估多效性或其他来源的eQTL数据，以获得正式的共定位测试和数据可视化。 LD信息是使用1000 Genomes Project上的PLINK计算得出的，以便在给定领先SNP的情况下查看LD。 默认的销售线索SNP是顶部的SNP。 eQTL关联结果已本地存储在MongoDB数据库中。 完整文档可从。 可以通过访问该应用程序。

对应博客：IQtree：使用 SNP 数据（vcf file）构建系统发育树

Snp文件(S参数)查看软件 C++源码 支持S16p以下文件预览

wgs全基因组序列比对流程 用到的软件 过程步骤 一. 下载准备需要的文件 下载参考序列基因组文件 1.建立索引 bwa index ref.fasta 完成之后 会看到几个ref.fasta为前缀的文件 为参考序列生成dict文件 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用bgzip压缩 bgzip seq1_.fasta bgzip seq2_.fasta 二.处理文件 将read比对到参考基因组 bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:

鲑鱼汤 在鲑鱼虱子SNP数据集上使用

cpup 将samtools mpileup结果转换为基本计数tsv 支持多个bam文件 如果不与标签（ -t AD ， -t ADF ， -t ADR ）混淆，则bcftools mpileup可能是一个更好的选择。 samtools mpileup可以按以下格式逐站点汇总映射结果。 第5列（第8列，第11列，第14列...）报告了每个站点中观察到的碱基。 XII 455422 C 16 <<<<<<<<<<<<<<,, FFFFFFFFFFFFFFFF 4 <<,, FFFF XII 455423 T 16 <<<<<<<<<<<<<<,, FFFFFFFFFFFFFFFF 4 <<,, FFFF XII 455424 C 17 <<<<<<<<<<<<<<,,^$, FFFFFFFFFFFFFFFFE 4 <<,, FFFF XII 455425 A 18 <<<<<<<<<

SNP_calling_GATK 这是运行GATK调用高质量SNP的逐步步骤，它旨在在集群上运行。 该脚本是通过实施Genome Analysis Toolkit（GATK）而构成的全基因组植物SNP调用管道的一部分。 有关GATK的更多信息，请访问： ://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us 可以在github中找到此管道的详细说明： : 作者：Taslima Haque 上次修改时间：2021年2月12日 请将您的查询发送给作者： 或 它期望什么？ 这是每个脚本的示例标头，它们期望跟随变量： refDir = / work / 02786 / taslima / dbs / PH＃参考基因组文件所在的参考目录 ref = PhalliiHAL_496_v2.0.softmasked.fa＃参考基因组文件的名称 outDir = / scratch

EST-SNP开发软件特性分析及比较知识.pdf

食用向日葵品种真实性SNP标记鉴定法 编制说明 .pdf

SimSNPData R包以模拟SNP数据 要直接从GitHub安装此软件包，请运行以下代码 install_github('samstroupe/SimSNPData') library(SimSNPData)