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scRNA-seq的一种谱聚类方法
使用
computeKernel.m
计算内核
run.m
是主要入口。
selfweightmkl.m
由
run.m
调用,它自动为所有内核分配权重。
我们提供了一个关于
Yan
数据集的演示。
您只需要下载代码并设置正确的路径,然后运行run.m函数即可。
该项目中的文件夹包含
scRNA-Seq
表达数据和计算内核。
输入:data.m
输出:results.txt
**
聚类:
FINCH:第一个整数邻居聚类层次(FINCH)算法
Matlab
:请进入您复制此文件夹的路径或将其路径添加到您的
Matlab
路径中。
[c,
num_clust]=
FINCH(data,
initial_rank,
verbose);
输入:
数据:数据矩阵(行中的特征向量)
initial_rank
[可选]:Nx1(1
个邻居)索引向量。
传递空
[]
以通过
pdist
或
flann
计算第一个邻居
详细信息:打印一些输出
输出:
c:
N
x
P
矩阵每个列向量包含每个分区
P
的簇标签
num_clust:显示
2021-07-20 15:34:19
118.35MB
系统开源
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