微笑抽屉 当前版本:1.2.0( ) 如果您使用此代码或应用程序,请引用《化学信息与建模杂志》上发表的原始论文: ###兼容性支持所有当前版本的主要浏览器,并且已在以下浏览器(版本)上测试了该应用程序: Chrome(68.0.3440.106) Firefox(61.0.1) 边缘(42.17134.167.0) Internet Explorer 11 Safari(10.1.2) SmilesDrawer也应该在所有这些浏览器的较旧版本上运行,如果您在较旧的浏览器上遇到任何问题,请打开一个问题,它将进行测试。 例子 使用光主题的例子可以发现,而另一个则是使用黑暗的主题,可以发现。 SmilesDrawer的颜色是完全可配置的。 显示来自不同数据库的分子的示例: 实验室 在这里可以找到一个非常简单的JSFiddle示例。 此示例显示SmilesDrawer.app
2024-05-13 14:48:49 2.09MB JavaScript
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适用于SMILES(简化的分子输入行输入系统)文件的3D渲染应用程序 用于教育和示范目的。 应用程序接受,使用方法将SMILES字符串从文件转换为具有坐标的,应用程序利用库()显示3D复合模型。 在开发过程中,我发现不是真正JavaScript库,也不是JQuery插件,并且由于我没有时间将其重写为Vue.js组件,因此我最终将其构建改版为Vue。 js应用。 一些主要功能: 用。渐进式JavaScript框架。 演示与交互。 利用进行3D模型渲染。 有验证步骤,仅接受有效的SMILES文件。 在所有浏览器(包括移动设备)上都很好用! (感谢响应式网页设计) 支持多个文件的转换和渲染。 具有拖放功能。 使用SASS / SCSS进行样式设置。 已经彻底注释了代码。 演示 感谢,可以在实时演示。 手机浏览器问题 虽然该应用程序具有自适应设计,并且可以适应从最小的iPho
2024-03-18 13:59:40 626KB JavaScript
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微笑解析器 目的 一个SMILES代码验证器(目前)和(不久的将来)一个解析器,用于创建键矩阵,连接矩阵,并(稍后)生成xyz文件,以与GAMESS或其他量子化学程序一起使用 原则 根据EBNF中SMILES的语法定义,使用pyparsing生成了一个解析器。 有关什么是SMILES,请参见( )对于pyparsing: ://pyparsing.wikispaces.com/
2022-01-01 14:21:17 2KB python parsing chemistry cheminformatics
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数据处理 用于建模的数据准备的Python代码: 处理有问题的分子的微笑:有机金属,混合物,肽。 资料取样 数据选择 安装: git clone https://github.com/phi-grib/Data_curation.git conda activate cd Data_curation python setup.py install 现在,您可以使用该代码从其结构中自动对化合物进行分类和分类。 仍在建设中。 将来添加的功能: 混合物检查 优化过滤功能。 现在有点嵌套了,这使得其他开发人员更难以更新和维护 用法示例: 包装中的Jupyter Notebook中有一个用法示例。
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SMILES枚举,向量化和批处理生成 SMILES枚举是写出所有可能的SMILES形式的分子的过程。 这是在基于序列的分子建模之前进行数据增强的有用技术。 您可以在此或了解有关背景的更多信息 笔记 提供了更多更新的软件包。 导入SmilesEnumerator并实例化对象 from SmilesEnumerator import SmilesEnumerator sme = SmilesEnumerator () print help ( SmilesEnumerator ) Help on class SmilesEnumerator in module SmilesEnumerator: class SmilesEnumerator(__builtin__.object) | SMILES Enumerator, vectorizer and devectorizer |
2021-10-14 18:45:14 117KB Python
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SMILES2020:包含SMILES所有资料的存储库,Skoltech的夏季机器学习学校,将于8月16日至21日举行
2021-10-04 16:05:52 93.93MB
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展示通过神经网络用分子的特性来预测分子性质,主要内容就是介绍神经网络的原理,以及搭建神经网络的步骤和关于smiles分子式的处理。
2021-09-18 19:09:42 2.4MB SMILES DNN神经网络
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库仑矩阵 从SMILES中格式化的分子生成库仑矩阵的工具。 依存关系 该程序需要numpy,pandas,rdkit和pybel(Open Babel)。
2021-09-13 09:49:44 3KB Python
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