《使用OpenMP与OpenACC在Fortran中进行分子动力学模拟——MDFort解析》 分子动力学模拟（Molecular Dynamics，MD）是计算化学和物理领域的重要工具，它通过数值方法来模拟分子系统的运动，以研究物质的性质。在高性能计算环境中，OpenMP和OpenACC并行编程技术的应用能显著提升MD模拟的效率。MDFort，作为一个基于Fortran的MD模拟软件，巧妙地融合了这两种并行化技术，实现了高效、大规模的分子动力学模拟。 让我们深入了解OpenMP。OpenMP是一种用于共享内存并行计算的API，主要应用于C、C++和Fortran等编程语言。它提供了一组库函数和编译器指令，允许程序员轻松地在多核处理器上实现并行化。在MDFort中，OpenMP被用来并行化分子系统的更新计算，每个核负责处理一部分分子，从而充分利用多核处理器的计算能力，提高整体计算速度。 OpenACC是另一种并行编程模型，主要用于加速GPU（图形处理单元）计算。与OpenMP不同，OpenACC主要针对异构计算环境，特别是那些包含CPU和GPU的系统。在MD模拟中，OpenACC可以将耗时的计算任务如力场计算、分子间相互作用的评估等转移到GPU上执行，以利用其并行计算能力，进一步提升性能。 MDFort的主要工作流程包括以下几个步骤： 1. 初始化：设定模拟参数，如分子数量、温度、压力、时间步长等，并构建分子系统，分配到各个计算单元。 2. 力场计算：使用预定义的力场模型，如CHARMM、AMBER等，计算分子间的相互作用力，这是MD模拟的核心部分。 3. 时间步进：基于牛顿运动定律，根据当前力场计算每个分子的新位置和速度，这一步通常采用Verlet算法或其他高精度积分方法。 4. 并行化处理：通过OpenMP并行化分子的更新计算，每个线程处理一部分分子，同时利用OpenACC将计算密集型任务卸载到GPU上。 5. 边界条件处理：对于周期性边界条件，确保分子在模拟箱内的碰撞得到正确处理。 6. 输出与分析：收集并存储模拟数据，如分子坐标、速度、能量等，以便后期分析和可视化。 7. 循环迭代：重复以上步骤，直到达到设定的模拟时间或满足其他停止条件。 MDFort的设计和实现充分考虑了并行计算的效率和可扩展性。通过合理地划分工作负载，结合OpenMP和OpenACC的优势，使得MDFort能够在各种硬件平台上高效运行，无论是多核CPU还是配备GPU的高性能计算集群。这对于科学研究者来说，意味着能够更快地获取模拟结果，更深入地探索分子世界的奥秘。 总结，MDFort是一款结合了OpenMP和OpenACC的Fortran分子动力学模拟软件，它的出现为科学研究提供了强大的计算工具，极大地提高了MD模拟的效率，使得复杂的化学和物理过程的模拟成为可能。对于想要深入理解和应用分子动力学模拟的用户，掌握MDFort及其背后的并行计算原理至关重要。

摘要：本文探讨了基于OpenMP的电磁场FDTD多核并行程序设计的方法，以期实现该方法在更复杂的算法中应用具有更理想的性能提升。针对一个一维电磁场FDTD算法问题，对其计算方法与过程做了简单描述。 　　在Fortran语言环境中，采用OpenMP+细粒度并行的方式实现了并行化，即只对循环部分进行并行计算，并将该并行方法在一个三维瞬态场电偶极子辐射FDTD 程序中进行了验证。该并行算法取得了较其他并行FDTD 算法更快的加速比和更高的效率。结果表明基于OpenMP的电磁场FDTD并行算法具有非常好的加速比和效率。 　　0 引言 　　随着多核技术的不断发展，并行方法已经成为一种处理较大规模问

OpenMP是一种用于共享内存并行系统的多线程程序设计方案，支持的编程语言包括C、C++和Fortran。OpenMP提供了对并行算法的高层抽象描述，特别适合在多核CPU机器上的并行程序设计。编译器根据程序中添加的pragma指令，自动将程序并行处理，使用OpenMP降低了并行编程的难度和复杂度。当编译器不支持OpenMP时，程序会退化成普通（串行）程序。程序中已有的OpenMP指令不会影响程序的正常编译运行。在VS中启用OpenMP很简单，很多主流的编译环境都内置了OpenMP。在项目上右键->属性->配置属性->C/C++->语言->OpenMP支持，选择“是”即可。OpenMP采用for

三维可压缩流场MPI+OpenMP混合并行算法及应用研究，许啸，王学德，在多核CPU集群并行体系结构下，采用MPI+OpenMP的混合并行算法，对高速可压缩流场进行数值模拟，并在计算时间上与MPI算法进行比较。流�

朱仲涛CSDN技术讲座“多核编程”，2010-09-29，17:30--21:00

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在多线程编程知识的基础上重点讲解Unix_Linux_Windows_OpenMP多线程编程技巧。

题目描述：实现一种或多种并行排序算法。 要求： （1）使用MPI、OpenMP、MPI+OpenMP编写上述并行程序。 （2）使用VTune等工具对程序进行瓶颈分析和优化。 （3）提交程序源代码、变量和语句的详细说明。 （4）在实验报告中通过图表说明CPU串行程序和三种并行程序在各种规模的运行时间。 （5）(选做)在实验报告中通过图表说明三种并行程序使用不同的数据分配方法在各种规模的运行时间。 设计思路 步骤一： 主要采用快速排序实现（串行，openmp、mpi、openmp+mpi）排序算法，所需环境为VS2019+openmp+mpi，cmd命令 （1）完成了CPU串行程序和三种并行程序在各种规模的运行，并作出时间对比图 （2）完成了串行，openmp使用不同的数据分配方法在数组规模为400万的运行，并作出时间对比图。 步骤二： 用vs工具对程序进行瓶颈分析 自己写的作业，真实跑出来的，环境配置需要自己弄哦！！个人感觉写的也算是比较全的 预览：https://img-blog.csdnimg.cn/b97cc6cec08b4fd9ba79abe446037f86.png

Parallel Programming in C with MPI and OpenMP - EPCC.pdf

带详细注释 用sqrt(1-x*x)函数在[0，1]上的积分值 求圆周率值并行pthread程序 西安电子科技大学 霍老师并行计算程序作业第1题 mpi和pthread 的在前段时间已经上传