NAMD手把手教程--第一部分 NAMD手把手教程--第一部分

.conf文件 内容截取 调用namd需要输入的 结构和坐标文件名称 力场参数文件 周期性边界条件

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation）是指利用计算机软件，根据牛顿力学的基本原理，模拟大分子的相互作用和运动变化的研究方法。namd是比较好用的一款软件，本教程是入门的经典之作。

NAMD软件最新2.14版本（Linux）

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 　　1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 　　微观。 　　是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 　　模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 　　2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 　　全原子md，有文献上也用它做过cgmd。 　　3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 　　使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 　　也可进行团簇和CNT 系统的模拟 　　软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 　　4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 　　经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 　　数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。 　　5.软件主要包含的处理工具 　　namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。

根据我在网上找的一些教程来安装NAMD，这里是我自己写下的一些个人所得，是在Linux下的NAMD并行安装教程！

NAMD入门教程，中文版