【QSM技术详解】 定量磁化图（Quantitative Susceptibility Mapping，QSM）是一种用于磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging, MRI）的高级分析技术，它能够提供组织磁性特性（如铁含量和组织结构）的定量信息。在MRI中，QSM通过揭示磁场扰动来揭示生物组织的内在磁性特性，对于神经科学研究、疾病诊断和治疗监控具有重要意义。 【qsm-tools软件包】 "qsm-tools"是一个专门为QSM处理设计的开源软件包，它支持Python和MATLAB两种编程语言。这个工具集提供了完整的QSM处理流程，包括数据预处理、反演算法应用、去噪和后处理等步骤，使得研究人员和临床医生能够轻松获取和分析QSM图像。 1. **Python模块**：Python是数据科学和计算领域广泛使用的语言，qsm-tools的Python实现使用户能够利用其强大的生态系统进行数据管理和分析。该模块通常包含数据读取、预处理函数（如头部校正、去除磁场背景）、QSM重建算法（如基于迭代的方法）以及结果可视化功能。 2. **MATLAB接口**：MATLAB以其丰富的图像处理和数学运算库而知名，qsm-tools的MATLAB版本提供了与Python类似的功能，适合那些熟悉MATLAB环境的用户。其可能包括专门优化的算法实现，以提高计算效率。 【核心QSM处理步骤】 1. **数据采集**：在MRI扫描中，获取含有频率偏移信息的k空间数据，这些数据反映了磁场的不均匀性。 2. **预处理**：包括头部运动校正、磁场背景的去除（如使用水或空气信号作为参考）以及信号标准化等步骤。 3. **磁场倒影（Field-to-Image Mapping, FIM）**：将k空间数据转换为体素级的磁感应强度图像。 4. **去噪**：应用各种去噪算法，如基于稀疏表示的去噪，以提高图像质量。 5. **反演算法**：通过求解泊松方程，从磁感应强度图像恢复组织的磁化率分布，如迭代最小二乘法或基于物理模型的方法。 6. **后处理**：包括去除脑外结构、平滑滤波、标准化和可视化等，以得到最终的QSM图像。 【qsm-tools-master内容】 在"qsm-tools-master"压缩包中，包含了qsm-tools的源代码、示例数据、文档和安装指南等。用户可以通过阅读文档了解如何配置和运行软件，使用示例数据进行测试，从而快速上手。此外，源代码部分展示了具体的算法实现，对理解QSM处理过程和技术细节非常有帮助。 qsm-tools为研究者和医疗专业人员提供了一套全面的QSM解决方案，使得他们能够深入探索组织的磁性特性，推动MRI在生物医学领域的应用。无论是Python爱好者还是MATLAB用户，都能在这个开源项目中找到适合自己处理QSM数据的工具。

预算matlab代码人海马沿其纵轴的自动分割。 创建该代码是为了自动分割MRI海马T1-w图像。 通过手动或使用社区中可用的工具（例如Freesurfer（已测试）或FSL）从大脑分割海马图像。 我们正在升级代码，如果有快速要求，请通过以下方式与我联系： 加里科兹·莱尔玛·乌萨比加加（Garikoitz Lerma-Usabiaga）： 尽管该工具开发的主要重点是海马，但它可以应用于任何C形细长结构，例如call体。 该代码已用于生成以下论文中的所有数据（如果使用此工具，请引用为）： G. Lerma-Usabiaga，Iglesias，JE，Insausti，R.，Greve，D。和Paz-Alonso。 下午（2016）。 人海马沿其纵轴的自动分割。 人脑映射。 要求和安装： git克隆此存储库（或下载.zip文件）并将其添加到您的matlab路径中。 将$ FREESURFER_HOME / matlab添加到您的路径 下载geom3d（）并将其添加到您的路径。 在默认版本中，此软件要求您具有“优化工具箱”。 如果没有，您可以免费安装L-BFGS-B（），并在设置中更改选项。 如

各大磁共振公司的序列名词对比表MRI Acronyms 包括siemens， GE，philips， Hitachi，Toshiba

SPOI标记猪脂肪干细胞向成骨细胞分化及体外MRI成像，张小玲，王霁胐，目的：研究SPIO磁标记对猪脂肪干细胞向成骨细胞分化的影响以及磁标记脂肪干细胞的体外3.0T MR 成像特性。方法：实验小型猪皮下脂肪分

MRI数据处理最常用的软件之一——spm的早期版的原理及其使用过程中涉及的知识讲解

骰子系数 matlab代码MRI分割 用于大脑异常分割的 U-Net 模型的实现. 有关原始源代码的更多信息，请查看作者编写的代码和代码。 数据集 用于训练该模型的数据集是 ，可在 Kaggle 上获得。 它包含来自 110 名患者的数据。 数据由大小为 256x256x3 的 MRI 切片和相应的二进制掩码 256x256 组成。 患者的最小和最大切片数分别为 20 和 88。 训练 该网络使用 105 名患者进行训练，其余 5 名用于验证。 数据增强包括 -20 到 20 度之间的旋转、水平和垂直翻转。 损失是使用 计算的。 该模型在 GPU 上进行了 85 次训练。 检索具有最佳验证损失的权重以进行验证预测。 结果 平均验证准确率约为 88%。 下面切片中的绿色分割代表真实情况，红色分割代表模型的预测。 安装 要安装依赖项，请运行以下命令： pip install -r requirements.txt 如果使用 Conda，您还可以创建具有以下要求的环境： conda env create -f environment.yml 默认情况下，环境名称为mri-segmentati

数据中中包含了大量对图像分割没有意义的数据，因此这里对原始数据集进行有效数据的提取。并且将有效数据集再次进行训练集 + 测试集的划分 注：log 训练文件较大，为了方便上传，这里删去不重要的train结果

Matlab核磁共振仿真：原子核的进动（Precession）和共振（Resonance）实验，具体实现效果在文章中又提到。https://blog.csdn.net/weixin_44597810/article/details/105139593

Functional magnetic resonance imaging (fMRI) has become the most popular method for imaging brain function. Handbook of Functional MRI Data Analysis provides a comprehensive and practical introduction to the methods used for fMRI data analysis. Using minimal jargon, this book explains the concepts behind processing fMRI data, focusing on the techniques that are most commonly used in the field. This book provides background about the methods employed by common data analysis packages including FSL, SPM and AFNI. Some of the newest cutting-edge techniques, including pattern classification analysis, connectivity modeling and resting state network analysis, are also discussed. Readers of this book, whether newcomers to the field or experienced researchers, will obtain a deep and effective knowledge of how to employ fMRI analysis to ask scientific questions and become more sophisticated users of fMRI analysis software.

基于深度学习的MRI脑肿瘤图像分割技术研究综述.pdf