这个脚本做什么？ 这是用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGG / CCCTAA）的工具。 该脚本不做什么？ 它只会在序列的开头和结尾寻找端粒。 它仅查找TTAGGG / CCCTAA重复序列的变体。 它是如何做到的？ 它以FASTA文件作为输入，并逐一遍历其中的序列。 在每个序列的开头和结尾，它都会忽略N（未知碱基）。 对于每个序列，它将查看前（最后）50个核苷酸，并评估端粒重复覆盖了该序列的多少。 这是故意灵活的，以允许测序错误和端粒基序的序列/长度变化。 更具体地说，如果前50个核苷酸中至少有50％被端粒重复序列覆盖，则将其称为端粒。 在大多数情况下，默认设置50％（-c /-cutoff）和50 nts（-w /-window）似乎效果很好。 一些端粒可能很短，或者与典型的TTAGGG / CCCTAA基序不同。 使用这些参数，它们很可能会被恢复。 但是，可以

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克拉克·范·史丹顿（Clarke van Steenderen） 动物学与昆虫学系南非东开普省Makhanda（Grahamstown）的Rhodes University 2021年电子邮件： :pencil: 功能性 SPEDE-SAMPLER是用Python和R编写的GUI程序，用于使用GMCY方法评估采样对物种划界的影响。 该程序提供以下内容： 读取对齐的Fasta文件，并随机选择n次序列p次。 这些文件保存在输出文件夹中。 例如，可以上传十个COI序列的序列比对。 用户可能希望随机选择该数据集的50％而不进行替换，并将此过程重复15次。 因此，该程序会将15个Fasta文件写到一个文件夹中，其中每个文件包含五个序列的随机选择。 循环遍历输出文件夹，以为每个重新采样的Fasta文件产生最大似然（ML）系统发育。 有两种ML程序可用：FastTree和RAxML。 循环遍历每个ML系统

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利用生物质谱仪器进行蛋白鉴定和定量分析时，往往要获得一个蛋白的理论酶切肽段，该程序提供了一个对蛋白进行胰酶切的程序，规则（R、K切，RP、KP不切）。程序需要输入一个FASTA格式的蛋白序列文件（压缩包中是文件InternalStandards.fasta），输出文件可以自己设定，必须保证有输入和输出文件，程序才能运行。另外，程序还提供漏切次数和肽段长度选项

gb2fasta：Perl脚本，用于将GenBank记录转换为FASTA格式

FIST快速迭代收缩最经典的文献，目前最流行的优化算法之一，这是快速迭代收缩算法FASTA 的matlab源代码，可直接运行，非常适合初学者

GffRead GFF / GTF实用程序提供格式转换，过滤，FASTA序列提取等功能。 更多详细信息和用法示例可在找到，该文件也可用于引用此软件。 可在此处在线找到带有此实用程序下载包的官方网页： : 使用gffread -h查看命令行用法选项。 安装 从源代码构建此程序需要源代码库。 如果未找到../gclib目录，则make命令应自动从存储库中获取最新的gclib版本。 cd /some/build/dir git clone https://github.com/gpertea/gffread cd gffread make release 这应该在当前目录中创建gffread二进制文件。

JFASTA是用于处理FASTA文件的轻量级框架。 它支持读取，写入和解析单个或多个FASTA文件。 文件可以一次读取/写入，也可以基于流读取（内存效率高）。 它稳定，非常直观，并且可以与Java 1.5 SDK及更高版本很好地集成在一起。

pyfaidx, 高效的Pythonic 随机访问fasta子序列 描述Samtools为indexed提供了一个函数"faidx"( FASTA索引)，它创建一个小平面索引文件，允许快速随机访问索引FASTA文件，同时加载文件中的最小文件数量。 这个 python MODU