这个程序通过寻找原始数据里的数字然后找出他们之间的关联性，然后它会提出一系列的一次方程式来描述这些联系。这就是这个程序具体运行的方法。然而，最初得到的一次方程式总是失败的，但是有些却比较接近真实。接着，最好的那个方程式会被筛选出来。然后这个方程式将被再次检验，Eureqa程序将会通过数据来继续分析。Eureqa程序会不断重复这个过程，直到它找到有效和正确的方程式。