通过比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对一系列HIV逆转录酶(RT)非核苷抑制剂(2-氨基-6-芳基磺酰基苄腈及其硫代和亚磺酰基同类物)进行了分子建模。 )方法。 采用对接模拟将抑制剂置于RT活性位点,以确定最可能的结合模式和最可靠的构象。 使用复杂的基于受体和基于配体的比对程序进行了这项研究,并研究了不同的比对模式以获得具有交叉验证的q(2)值分别为0.723和0.760的高度可靠和可预测的CoMFA和CoMSIA模型。 此外,获得了带有目标3D结构(RT的结合位点)的CoMFA和CoMSIA等高线图,以更好地理解RT蛋白与抑制剂之间的相互作用以及对HIV-1抑制活性的结构要求。 我们表明,要使2-氨基-6-芳基磺酰基苯甲腈抑制剂具有明显的抑制活性,需要在B环的3位和5位具有大体积和疏水性的基团。 此外,在A环的2-位上与RT蛋白的Lys101残基建立H键的H键供体基团也对活性有利。
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