Tax4Fun2 正在不断开发中,将取代旧的 Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/)。 新版本基于 275 个古细菌和 12102 个细菌基因组(RefSeq 中的完整或染色体状态)。 我没有包括 MAG 或非常不完整的基因组,但 Tax4Fun2 的重要特征之一是它能够合并用户数据(支持原核生物和真核生物)。 此外,我们添加了一个功能来计算(多)功能冗余指数。 我添加了一个示例,如何预测功能配置文件和功能冗余。 更多详情:https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037(请注意,这是预印本,还没有同行评审)。 您需要先在系统上安装 NCBI BLAST+,然后才能使用它。 对于某些功能,您需要安装 R 包 ape 和 seqinr。 我有任何问题或疑问,请与我联系(bwemheu@gwdg.de)。
2021-12-08 22:11:22
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开源软件
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