用于机器学习蛋白质结构的标准化数据集

PyRosetta开发（帮助）文档 很详细 蛋白质结构预测的必备工具

DomFun DomFun是使用系统方法将功能分配给未知蛋白质的新系统，而无需考虑其序列但其功能域与功能系统相关联。 它使用在蛋白质结构域和功能注释之间计算的关联作为训练数据集，并通过查找蛋白质的结构域以及它们是否已与功能注释（在GO分子功能，生物学过程，KEGG和Reactome途径术语中）相关联，对蛋白质进行预测（使用UniProt标识符）。 ）。 安装 将此行添加到您的应用程序的Gemfile中： gem 'DomFun' 然后执行： $ bundle 或自己安装为： $ gem install DomFun 用法 要使用DomFun，有必要计算蛋白质结构域和功能注释之间的关联。 为此，请使用NetAnalyzerRubygem（ ），选择最适合您数据的关联索引。 一旦计算出这些关联，它们将用于训练DomFun并预测一组功能未知的蛋白质（赋予UniProt标识符）。 在

PDB 蛋白质 结构 数据集，是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库，拥有十分悠久的历史，由美国布鲁克黑文国家实验室的 Walter Hamilton 于 1971 年起开始构建收集。 PDB 数据库中信息主要包含：蛋白质/核酸来源，蛋白质/核酸分子组成，原子坐标，测定结构所用实验方法，以及温度因子、结构测定者等其它数据及信息。可以在 PDB 数据库查找核糖体、致癌基因、药物靶标，甚至整个病毒的结构。

1. PDB数据库中查找蛋白质结构数据 1.　http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 2. 查找蛋白质结构，在检索框输入关键字或名称。 二. 在线观看三维数据结构 4. 选择 3D view，可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建，且数据 量较大，需要较长的时间才能在窗口显示。 5.蛋白结构显示的参数设定： 脚本选项： 2. 下载三维数据文件 1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。 如图：选择Download Files。 2．确定下载的文件类型，一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。 选择PDB File(Text). 3. 用写字板打开PDB文件，可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。 4. 下载Pymol，并安装。点DOWNLOAD进入下载，选择windows版本，并安装（需要pay money）。 或到此网站下载：http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol 选择win32，1.7.1.1版本。并安装，需要python编程软件的支持，可从360软件管件直接 安装。安

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利用蛋白质序列结构特征预测蛋白质结构类别的新策略

蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列，来比较蛋白质的结构，拟合两蛋白结构距离的分布后，利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有：利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量；结构距离服从参数为μ=94.769 7，σ=41.583 7，ξ=0.192 5的广义的极值分布；和其他结构比对算法相比，该算法比CTSS的搜索结果要好。