荧光差异二维凝胶电泳技术在植物差异蛋白质组学中的应用，吕坤，郑彩霞，蛋白质组学是后基因组时代生物学研究的主要领域之一，由于研究生物体全部蛋白质组的困难大，可行性不高，因此研究蛋白质差异表达
2024-03-03 21:30:23
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FragPipe 是一套计算工具的 Java 图形用户界面 (GUI)，能够对基于质谱的蛋白质组学数据进行综合分析。 它由提供- 一种适用于常规和“开放”（宽前体质量耐受性）肽识别的超快蛋白质组学搜索引擎。 FragPipe 包括工具包，用于 MSFragger 搜索结果（PeptideProphet、iProphet、ProteinProphet）的下游后处理、FDR 过滤、基于标签的量化和多实验总结报告生成。 和以帮助解释开放搜索结果。 FragPipe 二进制文件中还包括用于基于 TMT/iTRAQ 同量异位标记量化的 、用于具有运行间匹配 (MBR) 功能的无标签量化的 、SpectraST 和 EasyPQP 谱库构建模块以及 DIA-Umpire SE 模块用于直接分析数据独立采集 (DIA) 数据。
FragPipe 教程
（涵盖所有 FragPipe 模块的通用教程）
2023-10-02 23:18:51
19.35MB
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ProteoWizard库和工具是一组模块化且可扩展的开源，跨平台工具和软件库，可促进蛋白质组学数据分析。
这些库通过提供一个健壮的，可插拔的开发框架来实现快速的工具创建，该框架可简化和统一数据文件的访问，并执行标准化学分析和LCMS数据集计算。
核心代码和库受Apache开源许可； 供应商库受各种特定于供应商的许可的约束。
产品特点
HUPO-PSI mzML标准质谱数据格式的参考实现
支持HUPO-PSI mzIdentML 1.1标准质谱分析格式
支持直接从许多供应商原始数据格式中读取（在Windows上）
现代C ++技术和设计原理
具有本机编译器的跨平台（Windows上的MSVC，Linux上的gcc，OSX上的darwin）
模块化设计，可测试性和可扩展性
快速开发数据分析工具的框架
适用于学术和商业项目的开源许可证（Apache v2）
正式建造状态
操作系统
状态
2023-01-30 10:30:15
914.55MB
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GAT_蛋白质组学
GAT进行蛋白质组学网络分类
工作流程
先决条件
用户需要安装python（ ）和一些python软件包：
[火炬]
[dgl]
[numpy]
[熊猫]
[networkx]
[matplotlib]
数据准备和模型训练
将网络/一组网络的边缘文件，节点特征文件和标签文件添加到文件夹“数据”中。
对于图分类，需要一组图。
运行python脚本“ graph_classification.py”来训练和验证GAT模型。 训练有素的模型将存储在“模型”文件夹中。
python graph_classification.py根edge.file node.feature.file graph.label
运行python脚本“ graph_evaluation.py.py”以使用经过训练的模型对其他数据集进行预测。
python graph_evaluat
2022-01-20 19:57:32
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蛋白质组学色谱－质谱技术及其数据处理，匡伟，张举华，蛋白质组学已经成为一门重要的生物科学，其作用与地位在后基因组时代尤显突出。本文对蛋白质组学的研究现状和意义进行了综述，并
2021-12-13 19:29:00
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IQuant是基于等压标记的定量蛋白质组学自动化流水线。 它集成了蛋白质鉴定的后处理工具和高级统计算法，以处理由等压标记标记的肽产生的MS / MS信号，以进行定量。 IQuant可以从图形用户界面（GUI）和命令行界面运行，并且可以与Windows和Linux系统一起使用。 该网站包含IQuant软件，以iTRAQ-8plex标记的用于测试的示例数据和用户手册。 如果您对IQuant有任何疑问，请与我联系：wenbo@genomics.cn。 IQuant的源代码可以在“ https://sourceforge.net/p/iquant/code/”中找到。
2021-12-08 10:01:15
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MSFragger
MSFragger是用于基于质谱的蛋白质组学中肽段鉴定的超快速数据库搜索工具。 它在各种数据集和应用程序中均表现出出色的性能。 MSFragger适用于标准shot弹枪蛋白质组学分析以及大型数据集（包括timsTOF PASEF数据），酶无限制搜索（例如肽组），“开放式”数据库搜索（即前体质量耐受性设置为数百道尔顿），用于鉴定修饰的肽， MSFragger Glyco模式鉴定糖肽（N链和O链）。
MSFragger用跨平台的Java编程语言实现，可以使用三种不同的方式：
使用 GUI（图形用户界面）。
通过
作为独立的Java可执行文件（JAR）
MSFragger以表格或pepXML格式编写输出，使其与下游数据分析管道（如跨蛋白质组学管道和完全兼容。 请参阅，包括的列表。 示例参数文件可在找到。
支持的乐器和文件格式
mzML / mzXML ：可以使用来
2021-10-16 15:51:07
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