使用磷脂脂肪酸（PLFA）分析和实时定量PCR研究小麦/蚕豆间作对根际土壤微生物群落以及氨氧化古细菌（AOA）和细菌的氨单加氧酶（amoA）基因丰度的影响（AOB）在收获阶段通过在红壤中进行的田间试验。 我们发现，收获时间作作物和单作作物之间的根际上，蚕豆和小麦的放线菌的细菌和真菌之间存在显着差异（p <0.05）。 在根际收获期共检测到37种PLFA，包括31种细菌PLFA，3种真菌PLFA和3种放线菌PLFA。 与单作蚕豆的根际相比，农作物间作时收获期的AOB丰度较低，而单作和间作的小麦的根际AOB丰度没有显着差异。 单作和间作的根际之间的AOA丰度没有显着差异，但在间作系统中发现了更高的AOA丰度。 间作后，根际AOB的丰度明显高于AOA。 我们的发现表明，小麦-蚕豆间作可能改变根际的微环境和微生物群落结构。