原理：查找两个文件的交集 需要提供两个文件： 1、需要查找的基因的文件,格式为‘.xlsx’ (因为要求不多，就做得糙了点） 2、需要找寻的数据库（or 另一个基因集），文件格式为‘.csv’ 基本配置——python以及pandas模块 用户进入后需按要求提供信息 默认保存地址为D盘，文件名为‘result.csv’ 运行时可以在cmd终端（又称命令行、命令提示符）中输入代码： python FILEPATH FILEPATH为本文件的绝对路径（记得加上py后缀哦） 出错考虑有没有配制好python的环境变量以及有没有pandas库哈 其他问题还可问我们可爱的度娘~ 祝你们愉快使用~

TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等维度的相关R语言代码

生信-国科大雁栖湖春季课程《使用生物信息学2：多组学数据整合和挖掘》知识点整理

参考文献：MUFOLD-SS: New deep inception-inside-inception networks for protein secondary structure prediction 目的：蛋白质二级结构预测。 上传原因：由于文献中的链接失效，因此将之前下载的开源源码上传。仅限学术研究使用。

ANNOVAR是一个高效的注释工具，能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。由perl编写，支持包括VCF在内的多种输入和输出文件格式。 主要包含三种不同的注释方法：gene-based, region-based 和filter-based。基于基因的注释（Gene-based Annotation）揭示variant与已知基因直接的关系以及对其产生的功能性影响，基于区域的注释（Region-based Annotation）揭示variant 与不同基因组特定段的关系，例如：它是否落在转录因子结合区域等，基于筛选的注释（Filter-based Annotation）则分析变异位点是否位于指定的数据库中，比如dbSNP, 1000G，ESP 6500等数据库，计算SIFT/PolyPhen/LRT/MutationTaster/MutationAssessor等。

DNAMAN适用于分析生物学应用的一体化软件包。

TBtools最新版本程序，由《生信札记》微信公众号官方发布。 主要功能：序列提取，基因功能分析，本地Blast界面化，热图，韦恩图，Upset图 基因结构可视化，共线性分析与可视化。

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用于生物信息进行同源共线性分析，作为一个工具使用，找到物种内和物种间的序列比对的同源片段。没啥可说的，自己看，我也不大会用，还需要进一步学习呢。