Matlab集成的c代码细胞图像分析
一个函数和类库,可加快包含染色的(免疫荧光)细胞核的大图像的分析速度(大约200,000个细胞的大约20
mm
x
20
mm的图像)。
有多种方法可用于分割核,图像背景和伪影校正以及特征提取。
方法使用GPU加速进行图像处理,并且可以在GPU上并行提取每个原子核的特征。
要求
Matlab版本R2017b或更高版本。
图像处理工具箱。
统计和机器学习工具箱。
并行计算工具箱-使用并行计算和GPU加速需要此工具箱。
假设条件
其中一些功能特定于染色核DNA的图像,例如使用DAPI或PI时。
并且CellExperiment类需要标记为DAPI的通道。
其他几种方法专用于处理使用整个玻片荧光读取器创建的图像。
假定tiff图像是使用Leica
Aperio荧光玻片扫描仪创建的。
这些tiff图像的获取信息存储在tiff图像的ImageDescription标签(id:270)中。
此信息中需要的一条信息是MPP
,它以每像素微米为单位给出图像的空间比例。
安装
下载资源库。
在计算机上打开Matlab,然后将当前文件夹更改为下载的存储库。
运行set
2022-04-05 16:02:29
91.05MB
系统开源
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