EMMCKmer Ëpigenetic中号etagenomic中号OTIFÇharacterization由k聚体分析 概述 该工具比较基因组中每个现有 kmer 的 NATIVE 和 WGA 数据之间的 IPD 分布（使用对数似然比），然后使用迭代贪婪程序来识别重要的基序。 此工具的输出是经过显着修改的 kmers 列表。 ##Running 要运行代码，只需键入： sh EMMCkmer.sh [wga.cmp.h5] [nat.cmp.h5] [sample id] [fasta file] [output directory] 输入 这个包装器脚本将 NATIVE 和 WGA 数据的 cmp.h5 文件、SAMPLE 名称、参考基因组的 FASTA 文件和 OUTPUT 目录作为输入。 安装/要求 如果您满足以下要求，则不需要安装任何东西： PacBio 分发的 SMRT

开重 作者： 彼得·门泽尔（Peter Menzel） 安德斯·克罗（Anders Krogh） Kaiju是一个程序，用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段（例如Illumina或Roche / 454）进行分类分类。 使用NCBI分类法和来自微生物和病毒基因组的蛋白质序列参考数据库，将读物直接分配给分类单元。 该程序在描述 （开放访问）。 Kaiju可以在本地安装（请参阅下文），也可以通过。 有关所有版本的请参见的发行说明。 执照 版权所有（c）2015-2021 Peter Menzel和Anders Krogh Kaiju是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款（许可的版本3）或（根据您的选择）任何更高版本来重新分发和/或修改它。 发行Kaiju的目的是希望它会有用，但不作任何担保； 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示

Tax4Fun2 正在不断开发中，将取代旧的 Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/)。 新版本基于 275 个古细菌和 12102 个细菌基因组（RefSeq 中的完整或染色体状态）。 我没有包括 MAG 或非常不完整的基因组，但 Tax4Fun2 的重要特征之一是它能够合并用户数据（支持原核生物和真核生物）。 此外，我们添加了一个功能来计算（多）功能冗余指数。 我添加了一个示例，如何预测功能配置文件和功能冗余。 更多详情：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037（请注意，这是预印本，还没有同行评审）。 您需要先在系统上安装 NCBI BLAST+，然后才能使用它。 对于某些功能，您需要安装 R 包 ape 和 seqinr。 我有任何问题或疑问，请与我联系（bwemheu@gwdg.de）。

文章目录MEGAN-宏基因组功能和物种分类MEGAN功能简介原理简要示意图MEGAN特有文件格式：RMAMEGAN下载MEGAN使用MEGAN（linux版本安装）MEGAN使用指南（Linux）提取注释内容（物种和功能）：提取物种注释数据：提取功能：Win版安装和使用MEGAN安装Win版使用指南MEGAN主界面介绍MEGAN输入介绍MEGAN分析进阶双样本比对MEGAN界面可视化-两样本（.rma）比对物种信息可视化功能信息可视化数据导出MEGAN多个样本分析方案猜你喜欢写在后面 有时间可以写一个megan的中文教程。详细介绍软件、数据库安装，示例数据分析和结果描述。这个也引用了几千次，可

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