jellyfish帮助文档。在进行基因组组装之前，对基因组进行简单的评估，以获取基因组大小、杂合度、重复序列等特征有助于我们概括性的了解将要获取的基因组的大致信息，k-mer analysis是获取概括性基因组信息的常用程序。jellyfish是进行k-mer analysis的实用程序包。

概述 AlignGraph 是一种软件，它通过在密切相关生物体的参考基因组提供的帮助下重新组装重叠群或支架来扩展和连接它们。 简短的手册 系统要求 AlignGraph 适用于具有 Linux 操作系统的 32 位或 64 位机器。建议使用至少 4GB 的系统内存来组装更大的数据集。 安装 运行 AlignGraph需要对齐器Bowtie2和BLAT / PBLAT / NUCMER（BLAT 的版本应为 v34 或以下）。 要使用 Bowtie2 和 BLAT/PBLAT/NUCMER，请将它们放入您的 $PATH:export PATH=PATH2BOWTIE2:$PATH和export PATH=PATH2BLAT/PBLAT/NUCMER:$PATH. 下载的 AlignGraph.cpp 文件可以用命令编译g++ -o AlignGraph AlignGraph.cpp -lpthread。 输入 双端 DNA 以 FASTA 格式读取。 由任何从头 DNA-Seq 组装器（Velvet、ABySS、ALLPATHS-LG、SOAPdenovo 等）组装的从头重叠

MECAT is an ultra-fast Mapping, Error Correction and de novo Assembly Tools for single molecula sequencing (SMRT) reads. MECAT employs novel alignment and error correction algorithms that are much more efficient than the state of art of aligners and error correction tools. MECAT can be used for effectively de novo assemblying large genomes. For example, on a 32-thread computer with 2.0 GHz CPU , MECAT takes 9.5 days to assemble a human genome based on 54x SMRT data, which is 40 times faster than the current PBcR-Mhap pipeline. We also use MECAT to assemble a diploid human genome based on 102x SMRT data only in 25 days. The latter assembly leads a great improvement of quality to the previous genome assembled from the 54x haploid SMRT data. MECAT performance were compared with PBcR-Mhap pipeline, FALCON and Canu(v1.3) in five real datasets. The quality of assembled contigs produced by MECAT is the same or better than that of the PBcR-Mhap pipeline and FALCON. Here are some comparisons on the 32-thread computer with 2.0 GHz CPU and 512 GB RAM memory:

谢谢你的 通过 K-mer 搜索和 3' 读取扩展进行短序列组装 雷内·沃伦 2006-2021 描述 SSAKE 是一种基因组学应用程序，用于从头组装数百万个非常短的 DNA 序列。 它是一种易于使用、稳健、可靠且易于处理的组装算法，适用于短序列读取，例如 Illumina Ltd. 生成的那些。 SSAKE 算法是许多基因组学应用程序（例如 VCAKE、QSRA、SHARCGS、SSPACE、JR-Assembler）的核心，它们的设计继续激发新一代组装器（例如 JR-Assembler、PNAS 2013）。 SSAKE 的应用扩展到基因组组装之外，该技术被应用于分析 T 细胞宏基因组、靶向从头组装 (TASR)、支架（LINKS、ARCS）、HLA 分型（HLAminer），并且是在结肠癌中发现梭杆菌的关键，这一发现被《时代》杂志评为 2011 年十大医学突破之一。 根据 ICG

三代微生物基因组组装流程讲解.pdf

超级英雄 MEGAHIT是一种超快速且高效存储的NGS汇编器。 它针对元基因组进行了优化，但在通用的单基因组装配（小或哺乳动物大小）和单细胞装配上也能很好地工作。 安装 conda conda install -c bioconda megahit 适用于x86_64 Linux的预构建二进制文件 wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz tar zvxf MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.t