wgs全基因组序列比对流程 用到的软件 过程步骤 一. 下载准备需要的文件 下载参考序列基因组文件 1.建立索引 bwa index ref.fasta 完成之后 会看到几个ref.fasta为前缀的文件 为参考序列生成dict文件 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用bgzip压缩 bgzip seq1_.fasta bgzip seq2_.fasta 二.处理文件 将read比对到参考基因组 bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:

国科大《基因组分析技术与原理》2019年春季学期期末考试试题。

本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R这个开放平台上不断扩充R的功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能主要是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对基因芯片或DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化。同时，Bioconductor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》面向计算机应用人员，特别是针对从事数学统计分析和生物信息学研究及应用的有关人员，着重介绍R语言和Bioconductor的基本用法及技术，并提供许多精简的程序实例，为读者了解和熟练使用R语言和Bioconductor提供帮助。

RADseq人口基因组学 奥本大学生物学家脚本课程开发了一种用于RADseq数据的群体基因组分析的管道。 入门 目标 我们的开发流程旨在使用户从从定序器获得与限制性酶切位点相关的DNA序列（RADseq）数据的步骤，到总体基因组推断的起始步骤。 具体地，我们已提供了书面在壳和R 1至解复用的序列数据的脚本和组装位点具有Stacks ，估计人口结构与两个参数和非参数人口的聚类方法（ Admixture和adegenet ），并推断人口结构下面的空间直观具有conStruct模型。 数据 在TM收集的来自276个来自巴哈马，海地和多米尼加共和国的Anolis distichus蜥蜴的双消化RADseq（ddRADseq）数据集上，测试了使用Stacks解复用和组合原始序列数据的脚本。 我们还下载了从RADseq协议获得的基因组数据，并使用两个最流行的RADseq组装程序之一Stacks和Py

生物信息学：序列和基因组分析英文版.Bioinformatics

PGAP 是一个用 Perl 开发的泛基因组分析管道。 一键完成功能基因聚类分析、泛基因组谱分析、功能基因遗传变异分析、物种进化分析、基因簇功能富集分析等五种分析功能。

R语言及BIOCONDUCTOR在基因组分析中的应用

BPGA是用于微生物基因组的快速泛基因组分析工具。 除了常规的泛基因组图谱，BPGA还提供详细的统计数据和序列及其下游分析，例如KEGG / COG分配和基于核心以及泛基因组的系统发育。 此外，它还研究具有极端/非典型GC含量的基因，例如基因组GC含量，大型数据集的子分组等。

当前生物信息学研究重点是对基因组序列、蛋白质组学和数组技术所产生的大量数据的计算分析。本书对DNA、RNA和蛋白质数据的计算提供了丰富的演算方法，并指出了在解决生物学问题中这些方法的优缺点及应用策略。. 本书的第一版是在Mount博士讲稿的基础上进行整理出版的，在全球范围内用作教材。第二版对内容进行了全面的修订，由专业教师提供导读，最大程度地适用本科生和研究生教学。.. 本书为高等院校生物信息学专业本科生和研究生提供理想的学习材料。同时，本书也适宜科研人员、信息专家自学使用。 ..

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