可视化基因组注释 D3 JavaScript基因组特征（gff）文件的交互式可视化 这引入了一个框架，用于创建（GFF）的交互式信息性可视化。 通用特征格式（GFF）也称为基因发现格式，是一种描述基因组和蛋白质序列特征的文件格式。 GFF文件是制表符分隔的文本文件，其中每个功能都在一行中描述。 有关GFF格式的更多信息，请访问 。 例如对于玉米，我使用的GFF文件看起来像- 9 ensembl chromosome 1 156750706 . . . ID=9;Name=chromosome:AGPv2:9:1:156750706:1 9 ensembl gene 66347 68582 . - . ID=GRMZM2G354611;Name=GRMZM2G354611;biotype=protein_coding 9 ensembl mRNA 66347 68582 . - .

突变了的Cas9切口酶在果蝇基因组编辑中的功能，许江，杨国华，如何特异性和系统性地编辑基因组一直是应用基因组学研究的关键问题。CRISPR结合sgRNA的研究展示了其在基因组工程中的运用潜力。为降�

概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库（ ）的预先计算的直系同源基因组和系统发育树，仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组，转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索（即BLAST搜索）具有更高的精度，因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释（重复的基因更有可能参与功能差异）。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得： ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件，请引用： [1] Fast genome-wide functional annotation through orth

KNOX基因家族编码在植物发育和生理过程中具有多种功能的转录调节因子。 在这项研究中，对白杨（Populustrichocarpa）和水稻（Oryza sativa L. ssp。japonica）的KNOX基因进行了全基因组比较分析。 通过综合计算分析，考虑到基因结构，系统发育和保守基序，分别在杨树和水稻中鉴定出15和13个KNOX基因。 将这些KNOX基因进一步分为3组。 杨树基因POPTR_0012s04040和水稻基因LOC_Os03g47042和LOC_Os03g47022与KNATM一起被归类为一组新的无同源框域的KNOX基因，它们在植物发育和多能性中发挥着潜在的作用。 单子叶植物（大米）中KNATM同源物的鉴定为在KNOX系统发育中提出将MENOX基因与HOMEOBOX基因进行古老改组提供了有力支持。 利用亚细胞定位信息，GO（基因本体论）和表达谱分析，提出了水稻和杨树中的KNOX基因的功能与拟南芥中的成员相似。 我们的观察结果可能为将来水稻和杨树中KNOX基因的功能分析奠定基础，从而揭示它们在细胞多能性中的生物学作用。

越来越多的巨大全基因组 (>1G) 的序列可用性不断增加，击败了当前现有的 SSR 分析工具。 Genome-wide Microsatellite Analyzing Tool (GMATo) 是一个新的强大的程序，用于更快地挖掘任何长度、任何大小的 SSR，以及基因组方面的全面统计分析，专为基于 Perl 脚本的巨大基因组而设计。 只需要一个输入文件，其中包含原始 fasta 格式的 DNA 序列和表格格式的输出文件，列出所有 SSR 位点信息和四个生物学家感兴趣的分类的统计分布。 GMATo 还具有 Java 脚本的简单图形用户界面和 Perl 的命令行界面，可在 Windows、Linux 和 Mac 等平台上运行，为生物学家和生物信息学家提供易于定制的参数控制。 软件 GMATo 是在巨大基因组中进行 SSR 表征的更好工具 引用本文：Wang X. et al , Bioinformation [2013, 9(10):541-544]

水平仪 用于检测全基因组水平基因转移的工作流程。 该软件包包含用于距离方法HGT检测算法的代码，用于运行系统发育，同源搜索和用于HGT检测的参数软件的基准，以及最终工作流程，该工作流程由基准工具的子集和用于全基因组HGT检测的中间步骤组成。

基因组核糖体RNA预测，应用于真菌、细菌及线粒体，并统计rRNA类型，拷贝数，序列长度在基因组当中的占比，同时能够输出rRNA序列。

通过tRNA-SE软件预测，细菌，古菌，真菌，线粒体，叶绿体基因组中的tRNA，并输出tRNA编码的氨基酸，反密码子，tRNA序列；并统计拷贝数，基因组占比等

Savant(高通量测序数据的基因组浏览器).rar

基因组VCF到制表符分隔的值 用于将VCF数据转换为制表符分隔值（TSV）的Python脚本 一个小的脚本，它将以VCF格式编码的基因组变异数据转换为制表符分隔的值文件。 该脚本利用解析VCF文件。 默认情况下，程序会打印固定的VCF列，所有INFO标签值（在VCF标头中定义，给定记录中不存在的INFO标签都附加“。”），以及杂合子的所有基因型数据（FORMAT列）和纯合子。 如果存在基因型数据，则每个样本打印一行，而表示为VCF_SAMPLE_ID的列表示给定样本的数据。 脚本具有以下可选参数 跳过样本基因型数据（即FORMAT列） 保留拒绝的基因型（即FILTER\uff01='PASS'/ GT =='./。'） 跳过INFO数据。 压缩输出TSV 将VCF列的数据类型打印为标题行 重要信息：如果使用大型多样本VCF文件运行vcf2tsv，则输出TSV的大小将Swift增大，因为默认情