跨数百个基因组进行基因家族注释的管道 该管道可以自动化并标准化新生成的基因组数据集中许多基因家族的基因家族注释。 该管道可以获取最准确的基因拷贝数，并最大程度地减少可能会干扰下游比较分析的方法论偏见。 BITACORA和GeMoMa是用于识别和注释基因组装配中的基因家族的主要工具，第一步是基于输入文件以及要注释的基因家族信息，使用Blastp和InterProScan识别和管理基因模型。 内容 先决条件 安装 计算要求 用法 4.1准备数据 4.2运行管道 4.3输出 例子 1.先决条件 运行管道所必需的依赖关系是： Perl ：大多数操作系统默认安装Perl。 有关安装说明，请参见 。 Python ：从下载可用的最新版本 BLAST ：从以下地址下载blast可执行文件：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATE

KNOX基因家族编码在植物发育和生理过程中具有多种功能的转录调节因子。 在这项研究中，对白杨（Populustrichocarpa）和水稻（Oryza sativa L. ssp。japonica）的KNOX基因进行了全基因组比较分析。 通过综合计算分析，考虑到基因结构，系统发育和保守基序，分别在杨树和水稻中鉴定出15和13个KNOX基因。 将这些KNOX基因进一步分为3组。 杨树基因POPTR_0012s04040和水稻基因LOC_Os03g47042和LOC_Os03g47022与KNATM一起被归类为一组新的无同源框域的KNOX基因，它们在植物发育和多能性中发挥着潜在的作用。 单子叶植物（大米）中KNATM同源物的鉴定为在KNOX系统发育中提出将MENOX基因与HOMEOBOX基因进行古老改组提供了有力支持。 利用亚细胞定位信息，GO（基因本体论）和表达谱分析，提出了水稻和杨树中的KNOX基因的功能与拟南芥中的成员相似。 我们的观察结果可能为将来水稻和杨树中KNOX基因的功能分析奠定基础，从而揭示它们在细胞多能性中的生物学作用。

咖啡店 软件基因˚F爱米莉Ë旋涡的Çomputational一nalysis CAFE的目的是通过解释系统进化史并为进化推论提供统计基础的方式来分析基因家族大小的变化。 该程序使用生与死过程来模拟用户指定的系统发育树中的基因得失。 在此模型下生成的家庭规模分布可为评估观察到的分类单元之间家庭规模差异的重要性提供基础。 到 CAFE v4.2.1是CAFE应用程序常规发行版中的最新版本。 该手册和各种教程可以在网站（ ）上查看。 本文档介绍了如何下载和使用CAFE v4.2.1。 用 CAFE v4.2.1的必要输入是： 一个数据文件，包含系统发育树中包含的分类单元的基因家族大小 Newick格式的系统发育树，包括分支长度 根据以上输入，CAFE v4.2.1将计算： 整个树上或树中用户指定的分支子集上的生死参数λ的最大似然值λ（或单独的生死参数（分别为λ和μ）） 系统发育树中

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