《使用OpenMP与OpenACC在Fortran中进行分子动力学模拟——MDFort解析》 分子动力学模拟(Molecular Dynamics,MD)是计算化学和物理领域的重要工具,它通过数值方法来模拟分子系统的运动,以研究物质的性质。在高性能计算环境中,OpenMP和OpenACC并行编程技术的应用能显著提升MD模拟的效率。MDFort,作为一个基于Fortran的MD模拟软件,巧妙地融合了这两种并行化技术,实现了高效、大规模的分子动力学模拟。 让我们深入了解OpenMP。OpenMP是一种用于共享内存并行计算的API,主要应用于C、C++和Fortran等编程语言。它提供了一组库函数和编译器指令,允许程序员轻松地在多核处理器上实现并行化。在MDFort中,OpenMP被用来并行化分子系统的更新计算,每个核负责处理一部分分子,从而充分利用多核处理器的计算能力,提高整体计算速度。 OpenACC是另一种并行编程模型,主要用于加速GPU(图形处理单元)计算。与OpenMP不同,OpenACC主要针对异构计算环境,特别是那些包含CPU和GPU的系统。在MD模拟中,OpenACC可以将耗时的计算任务如力场计算、分子间相互作用的评估等转移到GPU上执行,以利用其并行计算能力,进一步提升性能。 MDFort的主要工作流程包括以下几个步骤: 1. 初始化:设定模拟参数,如分子数量、温度、压力、时间步长等,并构建分子系统,分配到各个计算单元。 2. 力场计算:使用预定义的力场模型,如CHARMM、AMBER等,计算分子间的相互作用力,这是MD模拟的核心部分。 3. 时间步进:基于牛顿运动定律,根据当前力场计算每个分子的新位置和速度,这一步通常采用Verlet算法或其他高精度积分方法。 4. 并行化处理:通过OpenMP并行化分子的更新计算,每个线程处理一部分分子,同时利用OpenACC将计算密集型任务卸载到GPU上。 5. 边界条件处理:对于周期性边界条件,确保分子在模拟箱内的碰撞得到正确处理。 6. 输出与分析:收集并存储模拟数据,如分子坐标、速度、能量等,以便后期分析和可视化。 7. 循环迭代:重复以上步骤,直到达到设定的模拟时间或满足其他停止条件。 MDFort的设计和实现充分考虑了并行计算的效率和可扩展性。通过合理地划分工作负载,结合OpenMP和OpenACC的优势,使得MDFort能够在各种硬件平台上高效运行,无论是多核CPU还是配备GPU的高性能计算集群。这对于科学研究者来说,意味着能够更快地获取模拟结果,更深入地探索分子世界的奥秘。 总结,MDFort是一款结合了OpenMP和OpenACC的Fortran分子动力学模拟软件,它的出现为科学研究提供了强大的计算工具,极大地提高了MD模拟的效率,使得复杂的化学和物理过程的模拟成为可能。对于想要深入理解和应用分子动力学模拟的用户,掌握MDFort及其背后的并行计算原理至关重要。
2024-10-03 00:39:33 3KB Fortran
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DFT的matlab源代码Ligpy-Cantera 木质素热解的动力学模型(ligpy-cantera) 威斯康星州直接顶石项目 由于缺乏详细的动力学模型,通过木质纤维素原料的热化学转化进行生物量增值受到限制。 除了增加对机械的理解外,还需要更详细的模型来优化用于生产燃料和化学品的工业生物质热解Craft.io。 为此,我们开发了涉及约100种和400个React的木质素热解动力学模型,该模型能够预测木质素热解过程中分子和官能团的时间演变。 该模型提供的信息超出了常规热解模型总产量的范围,而无需进行任何拟合,从而可以覆盖更广泛的原料和React条件。 在缓慢的热解实验中观察到了很好的一致性,使用超过200万次模拟进行的详尽的全局敏感性分析揭示了对模型预测差异最大的React(可以使用敏感性分析结果和可视化软件包)。 可以进行快速热解的模型预测,但是,最近开发的用于动力学控制的生物质快速热解的实验技术尚未应用于木质素。 这项工作是对ligpy原始工作的持续发展。 ligpy是为解决动力学模型而开发的软件包,我们在我们的2016 IECR论文中对此进行了描述, 。 请阅读文档以获取有关使
2024-09-29 19:45:24 5.59MB 系统开源
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在机器人技术领域,MATLAB是一种常用的工具,用于进行复杂的数学计算和仿真,特别是在机器人机械臂的运动学和动力学分析中。本项目聚焦于利用MATLAB实现机器人机械臂的运动学正逆解、动力学建模、仿真实验以及轨迹规划,其中涉及到的关键概念和方法如下: 1. **运动学正逆解**: - **正解**:给定关节变量(角度),求解末端执行器(EOG)在笛卡尔坐标系中的位置和姿态。这通常通过连杆坐标变换来完成。 - **逆解**:相反的过程,即已知EOG的目标位置和姿态,求解关节变量。这是一个非线性优化问题,可能有多个解或无解。 2. **雅克比矩阵**(Jacobian Matrix): - 雅克比矩阵描述了关节速度与末端执行器线速度和角速度之间的关系。它是连杆长度、关节角度的偏导数矩阵,用于速度和加速度的转换。 3. **动力学建模**: - 机械臂的动力学模型涉及力矩、质量和惯量等参数,通常用牛顿-欧拉方程或者拉格朗日方程来表示。这些方程用于计算各个关节的驱动力或扭矩。 4. **轨迹规划**: - 在时间最优的基础上,采用改进的粒子群优化算法(PSO)进行轨迹规划。PSO是一种全局优化算法,通过模拟鸟群寻找食物的行为来搜索最优解。 - 蒙特卡洛采样用于在工作空间内随机生成大量点,以此来描绘末端执行器的工作范围。 5. **时间最优**: - 时间最优轨迹规划旨在找到一条从起点到终点的最快路径,考虑到机械臂的动态特性,同时满足物理约束和性能指标。 6. **仿真**: - 利用MATLAB的Simulink或其他相关工具箱,对上述的运动学、动力学模型及轨迹规划结果进行动态仿真,以验证算法的有效性和可行性。 7. **文件内容**: - "机器人机械臂运动学正逆解动力学建模仿真与轨迹规划雅.html"可能是一个详细教程或报告,阐述了以上所有概念和过程。 - "1.jpg"可能是相关示意图,展示机械臂结构、工作空间或其他关键概念的可视化表示。 - "机器人机械.txt"可能包含了代码片段、实验数据或额外的解释材料。 这个项目深入探讨了机器人技术中的核心问题,通过MATLAB提供了从理论到实践的完整解决方案,对于理解机器人控制和优化具有重要意义。通过学习和实践这些内容,工程师可以更好地设计和控制机器人系统,提高其在实际应用中的效率和精度。
2024-09-16 18:28:03 254KB matlab
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如果没有一个合适的框架,学生、工程师或研究人员很难评估参数识别方法对于给定场景的相关性。 在这里,我们提出了一个专用于机器人识别的统一基准。到目前为止实现了以下算法: Inverse Dynamic Identification Model with Ordinary Least Square (IDIM-OLS) Inverse Dynamic Identification Model with Weighted Least Square (IDIM-WLS) Inverse Dynamic Identification Model with Iteratively Reweighted Least Square (IDIM-IRLS) Inverse Dynamic Identification Model with Total Least Square (IDIM-TLS) Inverse Dynamic Identification Model with Maximum Likelihood (IDIM-ML) 。。。。。
2024-09-11 15:34:51 5.17MB 动力学参数辨识
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《机械动力学》一书深入浅出地探讨了动力学这一关键领域,涵盖了从基础理论到实际应用的广泛内容。动力学是物理学的一个分支,主要研究物体运动的原因和规律,对于机械工程、航空航天、土木工程等多个领域具有深远影响。 在书中,作者首先介绍了动力学的基础知识,包括牛顿三定律、动量守恒、角动量守恒等经典概念。这些基本原理是理解一切运动现象的基础,为后续深入学习提供了坚实的理论基石。同时,书中也详细阐述了力的作用效果,如力矩、冲量等,这些都是解决复杂动力问题的关键工具。 接着,书中重点讨论了单自由度振动和多自由度振动系统。单自由度振动系统是最简单的振动模型,常用于分析弹簧-质量系统或简谐振动。通过这个模型,读者可以理解和掌握振动的基本特性,如振幅、频率、相位等。而多自由度振动系统则更为复杂,涉及到耦合振动、模态分析等内容,这些在现代工程中有着广泛应用,如桥梁振动分析、结构动力响应计算等。 在动力学的实际应用部分,书中列举了丰富的工程实例。例如,汽车悬挂系统的动态设计、飞机起降时的地面效应、建筑物的地震响应分析等。这些实例让读者能够在实际情境中运用所学理论,提高解决问题的能力。 此外,书中可能还涉及到了阻尼振动、非线性振动以及随机振动等方面的知识。阻尼振动探讨了在阻力影响下的振动行为,这对于理解实际工程中的能量耗散至关重要。非线性振动则研究了不遵循线性规律的振动系统,如混沌系统和分岔理论,这些在现代科学和技术中具有重要地位。随机振动则关注在随机力作用下的物体运动,对噪声分析和设备可靠性评估有直接指导意义。 通过学习《机械动力学》,读者不仅可以掌握动力学的基本理论,还能了解如何将这些理论应用于实际工程问题中。这不仅有助于提升专业技能,也为解决实际工程挑战提供了理论依据。无论是对初学者还是经验丰富的工程师来说,这本书都是一个宝贵的资源,它将帮助读者深化对动力学的理解,并提升其在相关领域的实践能力。
2024-09-06 21:37:26 1.17MB
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SAE J670 was last updated over 30 years ago. Since the last revision, the field of vehicle dynamics has change significantly. New systems such as four-wheel steering and active control have been applied to enhance the performance of vehicles. The terminology for vehicle dynamics needed to be updated to accommodate these new technologies and tomake the definitions consistent with current usage in the field. Accordingly, many new terms have been added to the terminology to provide formal definitions for terms that are associated with these new technologies. A number of existing definitions, which were based on front-wheel steer vehicles with passive control, were also revised to accommodate new technologies.
2024-09-06 09:54:50 1.94MB SAE标准 汽车动力学 J670
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含齿轮的轴系有限单元法动力学模型_ Timoshenko梁理论_ Newmark-β法_matlab代码 1)对象:含轴承、齿轮的推进轴系、传动系统 2)梁单元理论:Timoshenko梁理论,每个节点六个自由度。 3)动态响应求解方法:Newmark-β法。 4)代码:matlab.R2022b版本。
2024-08-24 10:32:10 13.61MB matlab
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《DynamicalSystems.jl:探索非线性动力学的利器》 在计算机科学与数学的交叉领域,非线性动力学是一个极具挑战且充满魅力的研究方向。它研究的是那些不能简单通过线性关系来描述的系统行为,比如混沌理论、分岔理论以及吸引子等。而DynamicalSystems.jl正是这样一个专注于非线性动力学的开源软件库,它在Julia编程语言的平台上,为科学家和工程师提供了强大的工具,帮助他们深入理解和模拟这些复杂系统。 DynamicalSystems.jl库的核心特性在于其对非线性动力系统的全面支持。它涵盖了从基本的微分方程解算器,到高级的混沌分析工具,如Lyapunov指数计算、延迟坐标嵌入和吸引子建模等。这个库的设计旨在提供高效、易于使用的接口,使得研究人员能够快速地进行实验和理论验证。 1. **熵(Entropy)**:在非线性动力学中,熵是衡量系统状态不确定性的度量。DynamicalSystems.jl库提供计算不同类型的熵的函数,如Kolmogorov-Sinai熵和Shannon熵,帮助用户理解系统的复杂性和随机性。 2. **Julia语言(Julia)**:作为DynamicalSystems.jl的实现平台,Julia是一种专为数值计算设计的高性能动态语言。它的速度接近C和Fortran,同时保持了脚本语言的简洁性和易读性,使得复杂的数学运算变得轻而易举。 3. **物理与数学(Physics & Mathematics)**:DynamicalSystems.jl将物理学中的动力学原理与数学的抽象概念结合,为研究物理系统的混沌行为提供了有力的数学工具。 4. **混沌(Chaos)**:混沌理论是DynamicalSystems.jl的重要应用领域。库内包含用于识别混沌行为的算法,如计算Lyapunov指数,这能帮助确定系统的敏感依赖于初始条件。 5. **维度(Dimension)**:非线性动力系统常常具有不可微的曼德勃罗集或科赫曲线等高维结构。库提供了估计遍历维数和盒计数维数的方法,以揭示系统隐藏的几何结构。 6. **非线性动力系统(Nonlinear Dynamics)**:从简单的双摆到复杂的生物网络,DynamicalSystems.jl处理各种非线性模型,如自治系统、受控系统和延迟微分方程。 7. **延迟坐标嵌入(Delay Coordinates Embedding)**:这种方法用于从有限的数据中重建系统的完整动力学。DynamicalSystems.jl提供了Takens嵌入和其他相关方法,使用户能够从时间序列数据中恢复系统的动力学。 8. **吸引子(Attractor)**:系统长期行为的稳定状态被称为吸引子。库提供了构建和分析吸引子的工具,如计算吸引域、绘制Poincaré截面等。 9. **Hacktoberfest**:DynamicalSystems.jl积极参与开源社区的活动,如Hacktoberfest,鼓励开发者贡献代码,推动库的持续改进和发展。 10. **TheJuliaLanguageJulia**:这一标签可能指的是Julia语言社区,表明DynamicalSystems.jl是Julia生态系统的一部分,受益于社区的广泛支持和活跃的开发。 DynamicalSystems.jl的源代码位于"DynamicalSystems.jl-master"压缩包中,包含了完整的库实现、文档和示例。这个库不仅为科研人员提供了宝贵的资源,也促进了非线性动力学在教育和工业领域的应用。通过利用DynamicalSystems.jl,我们可以更深入地洞察那些看似无序但又遵循内在规律的复杂系统,揭示自然界的奇妙之处。
2024-08-16 21:37:56 310KB entropy julia physics mathematics
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非线性三自由度车辆动力学模型,通常被称为“魔术轮胎公式”(Magic Formula),是汽车动力学领域中的一种重要理论模型。这个模型基于车辆在行驶过程中受到的各种力和力矩,包括轮胎与路面的相互作用,来描述车辆在三个自由度上的运动:横向、纵向和侧向。在MATLAB/Simulink环境中构建这样的模型,可以进行仿真分析,以理解车辆动态行为并优化其性能。 我们需要理解模型的基本构成。三自由度模型通常包括以下组件: 1. **车辆质心运动**:车辆在纵向(前进/后退)和横向(左右)的移动,以及围绕垂直轴的滚动。这些运动由车辆的质量、加速度和外力(如引擎牵引力、空气阻力、重力等)决定。 2. **轮胎模型**:魔术轮胎公式是描述轮胎与路面交互的关键。它包括轮胎的侧偏角、滑移率和负载变化对抓地力的影响。这种模型复杂且非线性,因为它考虑了轮胎橡胶的弹性、变形以及与路面的接触状态。 3. **悬挂系统**:车辆的悬挂系统影响着车辆的稳定性。它负责缓冲路面不平带来的冲击,并保持车身稳定。在模型中,悬挂的刚度、阻尼和位移会影响车辆的垂直运动。 4. **转向系统**:转向系统决定了车辆如何根据驾驶员输入改变方向。在三自由度模型中,转向角度会影响轮胎的侧偏角,进而影响车辆的侧向运动。 在MATLAB/Simulink中建立这样的模型,需要完成以下步骤: 1. **定义车辆参数**:设定车辆的质量、几何尺寸、悬挂特性、轮胎参数等。 2. **创建子系统模块**:为车辆质心运动、轮胎模型、悬挂系统和转向系统分别创建模块,每个模块内部实现对应的物理关系。 3. **连接模块**:将这些子系统模块通过信号连接起来,形成完整的车辆动力学模型。例如,驾驶员输入(如方向盘角度)会驱动转向系统模块,其输出再影响轮胎模型和车辆质心运动。 4. **仿真设置**:配置仿真时间、步长等参数,以确保结果的精度和稳定性。 5. **运行仿真**:执行模型并观察车辆在不同条件下的动态响应,如速度、加速度、轮胎力等。 6. **结果分析**:利用MATLAB的工具箱进行数据分析,理解车辆行为并可能调整参数以优化性能。 通过这个模型,工程师可以研究各种驾驶场景,比如急转弯、紧急刹车、高速行驶等,从而改进车辆的操控性和安全性。此外,该模型还可以用于开发车辆控制系统,如电子稳定程序(ESP)或防抱死制动系统(ABS)。 在实际应用中,非线性三自由度车辆动力学模型能够提供比简化模型更准确的预测,但计算量较大。因此,为了平衡精确度和计算效率,有时会采用线性化或简化版本的模型。然而,对于复杂的车辆行为分析和控制系统的开发,非线性模型仍然是不可或缺的工具。
2024-08-09 13:15:30 1.03MB matlab
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二维框架非线性动力学求解器是一种用于分析复杂结构在动态载荷作用下的行为的工具,特别是当几何非线性效应显著时。这个Matlab实现着重于解决这些问题,为工程师和研究人员提供了一种有效的方式来预测结构的响应。在本文中,我们将详细探讨该求解器的关键组件和背后的理论。 我们要理解"几何非线性"的概念。在结构力学中,当结构的变形程度足够大,以至于不能忽略形状改变对结构刚度的影响时,就会出现几何非线性。这通常发生在大位移、大转角或大应变的情况下。这种非线性现象需要在分析中考虑,否则可能导致计算结果的严重偏差。 该求解器的核心算法是基于Newmark方法,这是一种常用的数值积分方法,用于求解结构动力学方程。Newmark方法通过时间步进来近似结构的运动,它结合了平均加速度、速度和位移,以实现不同稳定性和精度的组合。在"Newmark_Nonlinear.m"文件中,可以找到这种时间积分方法的具体实现。 "Analysis.m"文件很可能是主分析函数,它整合了所有的计算流程,包括加载条件、边界条件、材料模型以及Newmark方法的迭代过程。"Example_Support.m"和"Example_Force.m"可能提供了示例支持条件和外力函数,帮助用户快速理解和应用求解器。 "Element_Analysis.m"涉及的是单元分析,这是结构分析中的关键部分。在这里,二维框架的每个元素(如梁)的局部响应被计算,然后与相邻节点的连接进行集成,形成整体系统的响应。"beam_deformation.m"和"beam_interpolation.m"可能包含了关于梁元素变形和插值函数的代码,这些函数对于准确描述结构变形至关重要。 "Elastic_Plastic_Model_1D.m"可能包含了材料模型的定义,特别是针对一维弹塑性行为的模拟。在结构分析中,材料的行为是决定结构响应的关键因素,弹塑性模型允许结构在达到屈服点后继续发生塑性变形。 "Section_Analysis.m"可能涉及到截面分析,这是评估横截面上应力和应变的关键步骤。在二维框架分析中,横截面的特性(如弯矩、剪力)是计算的重要组成部分。 "Plot_Results.m"很显然是用于可视化输出结果的函数,它可以帮助用户理解结构的动态响应,如位移、速度、加速度等,以及内部变量如应力和应变。 这个Matlab程序提供了一个全面的二维框架非线性动力学求解器,它考虑了几何非线性,并结合了Newmark方法进行时间积分。用户可以通过提供的示例和各种分析功能,对复杂结构在动态载荷下的行为进行深入研究。这个工具对于工程设计和研究,特别是在建筑、桥梁和机械结构等领域,具有很高的实用价值。
2024-07-27 15:54:15 11KB matlab 文档资料 开发语言
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