MSMBuilder的 MSMBuilder是一个python软件包，它为高维时间序列实现了一系列统计模型。 它特别专注于生物分子动力学的原子模拟的分析。 例如，MSMBuilder已用于通过分子动力学（MD）模拟对蛋白质折叠和构象变化进行建模。 LGPL（v2.1或更高版本）提供MSMBuilder。 功能包括： 将特征提取到二面体，联系方式等中 具有多种算法的几何聚类。 使用时间结构独立成分分析（tICA）和主成分分析（PCA）进行降维。 马尔可夫状态模型（MSM）的构造 率矩阵MSM构造 隐藏马尔可夫模型（HMM）构造 时标和过渡路径分析。 在查看文档，并加入。 有关MSMBuilder的更广泛概述，请看一下我们的。 安装 对于优选的安装机构msmbuilder与conda ： $ conda install -c omnia msmbuilder 如果您没有cond

Cellulose-builder 是一个用户友好的程序，可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标，适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建，包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。

Cu熔化及凝固过程的分子动力学模拟，黄维，梁工英，采用Embedded-Atom Method (EAM)作用势，利用分子动力学方法模拟Cu的熔化及凝固过程，研究了不同冷却速率对液态Cu凝固过程的影响，分析了升

包含简易实践amber分子动力学计算方法

基于amber分子动力学: 蛋白质-蛋白质亲和力计算实作范例

VASP是使用赝势和平面波基组，进行第一定律分子动力学计算的软件包。VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

性质：

以平面波为基础的自洽赝势积分方法；
超软赝势；
最新引用Blochl的全电子投影扩张波（PAW）方法，覆盖了周期表中的所有元素；
局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA)；
旋转限制和旋转极化；
应用到块状体系、表面和界面；
总能量，力场和全压力张量；
格参数和原子位置的同时松弛；
从头分子动力学；
产生Monkhorst-Pack特殊K点；
设计定位，旋转和局域波的态密度；
费米水平的部分态密度；
电荷密度旋转密度；
轨道和轨道密度。


操作平台:Linux/Unix

分子动力学中lammps软件中的cvff力场参数文件

2020版本的分子动力学Lammps最全指导手册，包括lammps的安装指导，命令的使用，其它工具包的编译，特别是命令查找非常方便。

原始脚本用于环氧树脂的交联，修改后可以用于其他体系。

packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件