OCTproZ：OCTproZ是用于光学相干断层扫描处理和可视化的开源软件

音视频-图像处理-视网膜脉络膜荧光血管造影及视网膜光学相干断层扫描的实验研究.pdf

matlab灰色处理代码OCT_preprocess，tanh为婷 光学相干断层扫描（OCT）的预处理包括以下步骤： octSpectrailisReader将OCT图像转换为python可处理的nd-array，并在matlab.pyplot.imshow所示的第一层图像OCT图像中检索有用的信息： retinaDetect查找内部限制膜（ILM），内部段（IS），外部段（OS）和Bruch膜（BM）的边界所示图像上的三行是ILM，ISOS（IS和OS的组合）和BM代码检测到的边界： 对图像进行归一化后，normalizeOCT对OCT图像进行归normalizeOCT化并减少噪声，灰度图像如下所示： retinaFlatten根据retinaDetect中的返回值计算retinaDetect并使用BM作为基线展平图像。 灰度和RGB两种形式的最终图像：

该脚本演示了如何使用图论来分割光学相干断层扫描图像中的视网膜层。 用法： 按 F5 运行脚本。 我正在开发一个更全面的开源软件包，用于光学相干断层扫描图像中视网膜层的计算机辅助分割，目前包括 1. 6 个视网膜层的自动分割和 2. 用于检查和手动校正自动分割的 GUI。 可以在我的github页面下载。http://panyuteng.github.io/caserel 引用为： Chiu, Stephanie J., 等。 “与专家手动分割一致的 SDOCT 图像中七个视网膜层的自动分割。” 光学快报 18.18 (2010)：19413-19428。 腾，庞宇。 (2013)。 Caserel - 用于在光学相干断层扫描图像中对视网膜层进行计算机辅助分割的开源软件。 泽诺多。 10.5281/zenodo.17893 http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.1

视网膜分层是视盘结构三维分析、青光眼三维特征提取的基础，为改善视网膜 OCT 图像的层次分割效果，提出了一个基于强度的二维视网膜黄斑 OCT 图像多层结构分割算法。分割方法通过预处理、滤波等操作，计算出视网膜OCT图像中每个A-scan的强度和强度梯度值，能很好地分割出视网膜OCT图像中的RNFL上界、IS和OS分界线、RPE层下界等，并用最短距离计算的黄斑距离策略对黄斑部位分层结果进行再优化，从而实现视网膜OCT图像的层次分割。实验结果表明，所提算法优化效果好，时间复杂度低，运行速度较快。

2048的matlab源代码PyOCT：光谱域光学相干断层扫描的成像重建。 PyOCT的开发目的是进行正常的光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）成像重建，其主要步骤如下： 读取数据 背景扣除 频谱重采样 计算像差校正（Alpha校正） 相机色散校正（使用相机校正系数的Beta校正） 逆傅立叶变换 获取OCT图像 该算法最初是在康奈尔大学的Steven G. Adie教授研究实验室中使用MATLAB开发的。 通过矩阵运算提高了重建速度。 与MATLAB相比，Python语言从仅在我们的实验室计算机上测试过的二进制文件中加载数据的性能要好得多。 目前，PyOCT仅支持python 3.0+。 快速开始 可以使用pip安装PyOCT： $pip install PyOCT 如果要运行最新版本的代码，可以从git安装： $python -m pip install -U git+git://github.com/NeversayEverLin/PyOCT.git 成功安装后，您可以在python环境下测试程序： $from PyOCT import VolumeReconstruction

matlab高斯金字塔代码OCT运动校正 此回购包含我的硕士论文的代码。 该项目旨在提供一种减少通过光学相干断层扫描技术获取的图像中的运动伪影的解决方案。 结构 文件 描述 saccadesModeling.mlx 包含有关如何模拟眼睛运动的信息。 phantomModeling.mlx 显示如何将扫视运动应用于测试数据。 metricsModeling.mxl 研究图像质量指标（糟糕）的行为。 projectTest.m 包含项目用例。 RegistrationObjective.m 封装用于图像配准的目标函数。 注册程序 从资源加载实验数据并执行注册。 SaccadeGenerator.m 产生扫视运动。 扫描程序 对扫描过程进行建模，并对给定的原始3D图像进行扫视运动。 用法 首先，结帐项目。 $ git clone https://github.com/merlinDM/oct-motion-correction.git 将项目添加到Matlab搜索路径： >> cd ' /path/to/project/ ' ; >> addpath(pwd); 运行示例： >> run '

用于光谱域 OCT 图像重建和光谱分析的 MATLAB 代码。 此代码可用作 OCT 分子成像平台的一部分，我们称之为 MOZART。 创建此代码是为了读取来自 Thorlabs OCT 的原始干涉图（SW 版本 4 效果最佳，但也支持版本 3 进行一些更改）。 它将原始干涉图重建为 OCT 图像，并支持 2D、3D 和散斑方差。 除了重建图像此代码： 计算归一化的 spcekle 方差（用于检测血管） 计算色散补偿基于双波段光谱分析计算光谱对比图计算光谱深度补偿创建结合 OCT 图像、光谱分析和散斑方差的图像。 和更多功能... 此代码用于创建图像和分析：“具有皮摩尔灵敏度的对比增强光学相干断层扫描，用于功能性体内成像”O Liba、ED SoRelle、D Sen、A de La Zerda - 科学报告，2016 年。 如果您使用我们的代码，请引用我们的论文。

该数据集包含对糖尿病性黄斑水肿的光学相干断层扫描图像进行分割的图像。数据集载自文章：S. J. Chiu, M. J. Allingham, P. S. Mettu, S. W. Cousins, J. A. Izatt, S. Farsiu, "Kernel regression based segmentation of optical coherence tomography images with diabetic macular edema", ( BIOMEDICAL OPTICS EXPRESS), 6(4), pp. 1172-1194, April, 2015 Segmentation of OCT images (DME)_datasets.txt

OCT文件转换器 该存储库包含用于从制造商的专有文件格式中提取原始光学相干断层扫描（OCT）和眼底数据的代码。 动机 制造商使用专有数据格式存储数据通常会阻碍眼科研究。 例如，直到最近，UK Biobank项目中约200,000次OCT扫描仅以Topcon的.fds文件格式提供，这阻止了批量处理和分析。 唯一允许访问这些扫描的免费软件是 ，它是用C ++编写的，不再进行维护。 该存储库旨在提供可用的基于python的工具来读取这些专有格式。 支持的文件格式 .fds（Topcon） .fda（Topcon） .e2e（海德堡） .img（Zeiss） .dcm 安装 需要python 3.7或更高版本。 pip install oct-converter 用法 examples /中包含许多示例用法脚本。 这是读取.fds文件的示例： from oct_converter .