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麦冬多糖调控肥胖小鼠脂质代谢紊乱的代谢组学研究，王旭，朱云云，目的：本研究基于代谢组学手段探究麦冬多糖MDG-1干预膳食诱导肥胖(Diet-induced obesity, DIO )小鼠脂质代谢紊乱可能的作用机制；方法：36只�

双歧杆菌是益生菌，对人类具有多种促进健康的特性。 益生菌，特别是双歧杆菌的全球市场正在蓬勃发展。 然而，整个市场仍处于起步阶段，因为除了整个细菌细胞外，几乎没有精细产品被开发出来。 代谢组学技术的成熟使研究具有高通量，综合图谱和库的复杂混合物成为可能。 因此，我们认为主要基于液相/气相色谱-质谱（LC / GC-MS）的代谢组学研究在加深双歧杆菌代谢机制的研究中将加深我们的理解。 这些研究可以分三个阶段进行，包括双歧杆菌的非靶向，靶向代谢组学分析以及通过代谢工程和发酵产生的特定代谢产物。 双歧杆菌的代谢组学研究将使我们能够充分探索其代谢机制，并利用有助于人类健康的代谢物。 特别地，双歧杆菌衍生的共轭亚油酸和细菌素是两种可能在未来具有巨大潜力并且可以用作食品添加剂的精细产品。

我们的生物分析研究利用实用且高效的高通量技术来分析源自生命系统的复杂混合物。 这将促进针对特定疾病的预防，预测和个性化医学的发展，并将促进健康。 我们使用许多高通量分析平台，包括蛋白质组学和代谢组学的多维液相色谱-质谱（MDLC-MS）； 液相色谱-质谱（LC-MS）和全面二维气相色谱-质谱（GCxGC / TOF-MS）。 每种类型的分析对患者样品中存在的分子提供有限的分析物覆盖范围，因此对于单个患者仅提供部分分子概况。 这些多样化的分析数据必须与先进的生物信息学方法集成在一起，以准确评估健康状况并检测疾病易感性。

远程服务器运行matlab代码银河-M 代谢组学工具 此处存储的文件夹对应于在标准Galaxy安装中找到的文件夹。 包括用于代谢组学分析的工具文件（原始代码和.xml包装程序）以及有效安装的Galaxy的Galaxy配置文件。 并非所有配置文件都已更改，但为了完整起见，此处都包含了所有配置文件。 这些文件经过测试的Galaxy版本来自Github的Master分支：commit c429777c93680dcee449fe410f5360afbe673758。 GigaScience出版物使用的MI-Pack版本是Github commit：06ce0ace643ee1cf1d27550769a5272b7ea50825 可用性和要求 ###编程语言（给定的版本用于开发，其他版本也可能兼容）： -（注意：MATLAB Runtime是一组独立的共享库，可在未安装MATLAB的计算机上执行已编译的MATLAB应用程序或组件。每个都包含大多数工具的可执行文件） （可选：工具的开发和使用） （可选：ftool的开发和使用） ＃＃＃其他需求： ＃＃＃执照： ###非学术界使用的任何限制： 使用

MetNormalizer 安装 您可以从安装MetNormalizer 。 # Install `MetNormalizer` from GitHub if ( ! require( devtools )){ install.packages( " devtools " ) } devtools :: install_github( " jaspershen/MetNormalizer " ) 我们使用demoData包中的演示数据来演示如何使用MetNormalizer 。 请先安装它。 devtools :: install_github( " jaspershen/demoData " ) 用法 演示数据 library( demoData ) library( MetNormalizer ) path <- system.file( " MetNormalizer " ,

metPath 关于 metPath是一个R包，用于对脂质组学数据进行绝对定量。 安装 您可以从安装metPath 。 if ( ! require( devtools )){ install.packages( " devtools " ) } devtools :: install_github( " jaspershen/metPath " ) 用法 请参阅“页面以获取metPath的说明。 需要帮忙？ 如果您有任何quesitions metPath ，请不要犹豫，给我发电子邮件（ ）。 引文 如果您在出版物中使用metPath，请引用该出版物： X.Shen，R.Wang，X.Xiong，Y.Yin，Y.Cai，Z.Ma，N.Liu和Z.-J. Zhu *（通讯作者），基于代谢React网络的非目标代谢组学的递归代谢物注释，Nature Communications，20

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埃尔·Maven 直观的开源LC-MS数据处理工具 从 指数 产品特点 和具有以下功能： 多文件色谱比对仪 峰值特征检测器 同位素计算器 El-MAVEN与Maven相比，功能强大，速度更快且具有更多用户友好功能，并且包括以下附加功能： 加合物计算器 碎片光谱匹配 峰编辑器 下载 El-MAVEN安装程序可用于Windows（7及更高版本）和Mac OS（10.12及更高版本）。 用户可以从下载这些平台的最新版本。 从源代码构建 贡献者和开发人员可以按照以下说明在Windows，Ubuntu或Mac OS上构建El-MAVEN。 建立开发环境 设置开发环境（仅64位平台） 三种操作系统