深层
一个Tensorflow DL框架,用于使用兆碱基规模的DNA序列预测Hi-C染色质相互作用。
描述
该存储库包含核心deepC python代码,R脚本和用于下游分析的功能,以及教程和示例数据的链接。
核心代码在python(v3.5 +)和tensorflow(v1)中实现。 对于下游分析和可视化,我们使用R和自定义函数来处理HiC数据和deepC预测。
要求
python 3.5 +
张量流(tensorflow-gpu)
GPU支持对于预测是更可取的,对于培训来说是必不可少的
其他python模块:
numpy(v1.16.4或以上)
pysam(已通过v0.15.2测试)
pybedtools和已安装的兼容版本的bedtools
R版本3.4.4 +
套餐:
tidyverse(v1.2.1或更高版本)
RColorBrewer(v1.1-2或更高版本)
2023-02-12 10:22:10
20.73MB
HTML
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