生物工具
GTF.py
提供一个类,使您可以解析,重建仅由外显子组成的GTF或计算一些基本统计信息。
用法
从CLI
要仅从外显子重建完整的GTF(具有3个级别:基因,转录本和外显子),请使用以下命令,然后将重建的GTF打印到STDOUT
GTF.py format {gtf_path}
要计算您的GTF(仅包含外显子的GTF)中的基因,转录本和外显子的数量,请使用:
GTF.py stats {gtf_path}
从Python脚本
首先,导入GTF类。 此类提供了一种静态方法来解析您的文件:
您的GTF由3个级别的注释组成。 在这种情况下,请使用:
from GTF import GTF
for gene in GTF . parse ({ your GTF file }):
print ( gene )
您的GTF仅由外显子组成。 在这种情况下,请添加arg by
2022-12-03 14:48:00
3KB
Python
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