#SSW:SIMD Smith-Waterman的Python包装器
概述
是 Smith-Waterman 算法的快速实现,它使用单指令多数据 (SIMD) 指令在 CPU 级别并行化算法。 这个存储库将 SSW 库包装成一个易于安装的高级 python 接口,没有外部库依赖项。
SSW 库由Mengyao Zhao 和Wan-Ping Lee 编写,这个python 接口由Giles Hall 维护。
安装
要安装 SSW python 包,请使用 pip:
$ pip install ssw
示例用法
import ssw
aligner = ssw.Aligner()
alignment = aligner.align(reference="ACGTGAGAATTATGGCGCTGTGATT", query="ACGTGAGAATTATGCGCTGTGATT")
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2021-12-06 21:49:28
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