oxDNA是一种模拟代码,最初被认为是TE Ouldridge,JPK Doye和AA Louis(http://dx.doi.org/10.1063/1.3552946)引入的粗粒度DNA模型的实现。 此后进行了重新设计,现在已成为可扩展的仿真+分析框架。 它本身支持在CPU和NVIDIA GPU上进行DNA,RNA,Lennard-Jones和斑块粒子模拟。
2022-05-16 20:04:30 6.74MB 开源软件
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谢谢你的 通过 K-mer 搜索和 3' 读取扩展进行短序列组装 雷内·沃伦 2006-2021 描述 SSAKE 是一种基因组学应用程序,用于从头组装数百万个非常短的 DNA 序列。 它是一种易于使用、稳健、可靠且易于处理的组装算法,适用于短序列读取,例如 Illumina Ltd. 生成的那些。 SSAKE 算法是许多基因组学应用程序(例如 VCAKE、QSRA、SHARCGS、SSPACE、JR-Assembler)的核心,它们的设计继续激发新一代组装器(例如 JR-Assembler、PNAS 2013)。 SSAKE 的应用扩展到基因组组装之外,该技术被应用于分析 T 细胞宏基因组、靶向从头组装 (TASR)、支架(LINKS、ARCS)、HLA 分型(HLAminer),并且是在结肠癌中发现梭杆菌的关键,这一发现被《时代》杂志评为 2011 年十大医学突破之一。 根据 ICG
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