biosample_metadata
该工具支持将BioSample元数据提取到用户友好表中。 假设您将提供有效的BioSamples列表并写出表格。
如果提供了现有表,它将用于使用提供或添加的样本集合中存在的其他列来更新该表。
用法
biosample2table [ --in sample_list.txt] [--sample sampleid sampleid2 ...] --out result_table.tsv [--update]
争论
描述
-o /-出
将表写出到该文件(如果该文件已存在),将其解析并重用现有数据,然后添加到该文件中。 将使用文件扩展名(.tab / .tsv或.csv)确定输出格式(如果扩展名不匹配,则默认为制表符分隔的格式)。 如果省略--out ,将写入STDOUT(但是当然将无法使用以前缓存的结果)
- 更新
使用现有表获取样本ID,还可
1