CIBERSORT小鼠的免疫特征集

蛇管 snakePipes是使用构建的灵活而强大的工作流程，可简化NGS数据的分析。 可用的工作流程 DNA映射* 芯片序列* mRNA序列* 非编码RNA-seq * ATAC序列* 核糖核酸序列 嗝 全基因组亚硫酸氢盐Seq / WGBS （*在“等位基因特定”模式下也可用） 安装 Snakepipes使用conda进行安装和相关性解析，因此您需要先 。 之后，只需运行以下命令： conda create -n snakePipes -c mpi-ie -c bioconda -c conda-forge snakePipes 这将创建一个新的conda环境，称为“ snakePipes”，其中安装了snakePipes。 然后，您将需要创建各种工作流程所需的conda环境。 为方便起见，我们提供了snakePipes命令： conda activate snak

序列对齐 C语言中的Smith-Waterman和Needleman-Wunsch对齐网址： ： 作者：艾萨克·特纳（Isaac Turner） 许可证：公共领域更新时间：2015年8月18日 关于 最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐算法的C实现。 编写为快速，便携式和易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以轻松地包含在第三方程序中，有关示例，请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括perl模块，以向程序提供perl API。 特征： 对齐任意一对ASCII序列（DNA，蛋白质，单词等） 指定比对评分系统或选择通用的评分系统（BLOSUM等） 指定与给定分数的任何字符匹配的通配符 与局部和全局对齐之间不存在不匹配（ --

snRNAseq_bulkRNAseq_DEG_analysis RNAseq数据元分析的管道（Mathys-Grubman-GSE95587）

py-norpix阅读器 适用于NorPix .seq电影文件的Python阅读器（由StreamPix软件生产）。 注意：不建议使用此模块，并且我已经结束开发。 它的功能已添加到功能更广泛，功能更强大（维护得更好）的项目中。 —内森·基姆（ Nathan Keim），2015年7月 在查看随附的演示笔记本。

ATAC管 ATAC-seq数据的分析管道 请参阅Manual_for_ATAC-pipe.pdf

大量RNA序列淋巴球 淋巴管内皮细胞的RNA seq数据分析（用肿瘤分泌物组或VEGF-C处理） 命令行的详细列表，用于分析从原始计数到差异表达分析（基于edgeR程序包）和基因集富集分析（使用fgsea和clusterProfiler）的大量RNA测序数据。 还包括用于显示多个关联的热图的代码（heatmap.2和pheatmap程序包）

Alphafold管道 端到端的蛋白质结构预测流程，从seq到pdb。

该程序实现将一文件夹内的所有seq文件转化为avi文件。

共识非负矩阵分解（cNMF）v1.2 cNMF是用于从单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）数据推断基因表达程序的分析管道。 它以一个计数矩阵（N个细胞XG基因）作为输入，并生成一个（K x G）个基因表达程序（GEPs）矩阵和一个（N x K）矩阵，该矩阵指定数据中每个细胞的每个程序的用法。 您可以在阅读有关该方法的更多信息。 此外，该论文中的分析还可以在上进行探索和重新执行。 您可以在本README中阅读有关如何运行cNMF管道的更多信息，并可以在随附的和使用示例数据对它进行测试。 从1.1版更新 将用于确定高变异性基因的低均值表达基因的阈值从0.01提高到0.5。 除少数单元格外，一些用户正在识别使用率极低的无法解释的程序。 我们怀疑这是由于包含了在少数细胞中检测到的具有高变异性的基因所致。 在大多数情况下，默认参数的此更改将有助于解决该问题。 更新了NMF的导入，以与>