PNumPy 并行NumPy可以无缝加速大型数组（64K +元素）的NumPy，而无需更改现有NumPy代码。 对于python 3.6、3.7、3.8和3.9，NumPy> = 1.18的PNumPy支持Linux，Windows和MacOS。 此第一个版本加快了NumPy二进制和一元ufunc的速度，例如加，乘，isnan，abs，sin，log，sum，min等。 加速功能还包括： sort，argsort，lexsort，arange，boolean indexing和fancy indexing 。 在不久的将来，我们将加快： astype，where，putmask和searchsorted的速度。 其他使用numpy的软件包，例如或 ，也将加快大型阵列的使用。 安装 pip install pnumpy 您也可以通过以下方式安装最新的开发版本： pip inst

parsec-riscv性能测试 用于在模拟的RISC-V环境中自动设置和运行PARSEC基准测试的脚本。 主要目的是记录所需的步骤，以重现与我合作的QEMU / RISC-V相关论文所使用的设置。 执行 运行./setup_system.sh 它将准备一个projects目录，将提供所有必需的源/数据 它将准备一个components目录，其中包含所有已编译/已处理的对象 运行run_parsec_benchmarks.sh 它将在VM中运行PARSEC基准测试，并将结果output到output

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VCF与纯文本GWAS存储格式 以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计信息的运行时性能 引文 Lyon, M.S., Andrews, S.J., Elsworth, B. et al. The variant call format provides efficient and robust storage of GWAS summary statistics. Genome Biol 22, 32 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02248-0 结果 要查看比较结果，请在网络浏览器中打开html文件。 阴谋 工作流程 将GWAS转换为GWAS-VCF 准备查询 对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询 单样本-2.5M 单

Devito：基于符号规范的快速模板计算 是一个Python软件包，用于根据高级符号问题定义实施优化的模具计算（例如，有限差分，图像处理，机器学习）。 Devito建立在基础上，并采用自动代码生成和即时编译功能，以在包括CPU，GPU及其集群在内的多个计算机平台上执行优化的计算内核。 交互式Jupyter笔记本 关于德维托 Devito提供了一种功能语言，用于实现复杂的运算符，该运算符可以由多个模板计算，边界条件，稀疏运算（例如插值）等组成。 典型的用例是用于逼近偏微分方程的显式有限差分方法。 例如，可以使用Devito来实现2D扩散算子，如下所示 >> > grid = Grid ( shape = ( 10 , 10 )) >> > f = TimeFunction ( name = 'f' , grid = grid , space_order = 2 ) >> > eqn =

Kokkos：核心库 Kokkos Core 在 C++ 中实现了一个编程模型，用于编写针对所有主要 HPC 平台的高性能便携式应用程序。 为此，它为代码的并行执行和数据管理提供了抽象。 Kokkos 旨在针对具有 N 级内存层次结构和多种类型执行资源的复杂节点架构。 它目前可以使用 CUDA、HPX、OpenMP 和 Pthreads 作为后端编程模型，以及其他几个正在开发的后端。 Kokkos Core 是 Kokkos C++ 性能可移植性编程生态系统的一部分，该生态系统还提供数学内核 ( )，以及分析和调试工具 ( ）。 了解 Kokkos 可以在 Wiki 上找到编程指南，API 参考正在开发中。 如有问题，请在 Slack 上找到我们： : 或打开 github 问题。 对于非公开问题，请发送电子邮件至 crtrott(at)sandia.gov 可以在下找到包含

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