微生态
用于微生物群落生态学数据挖掘的R包
背景
在微生物群落生态学中,随着高通量测序技术的发展,数据量的增加和复杂性的增加使群落数据的分析和管理面临挑战。 已经为微生物组分析创建了许多R包,例如phyloseq,microbiomeSeq,ampvis2,mare和microbiome。 但是,仍然难以快速有效地执行数据挖掘。 基于此,我们创建了R包microeco。
主要特点
R6类,用于存储和分析数据; 快速,灵活和模块化
分类学丰度分析
维恩图
字母多样性
Beta多样性
微分丰度分析
指标种类分析
环境数据分析
空模型分析
网络分析
功能分析
安装R / RStudio
如果尚未安装R / RStudio,请执行以下操作。
安装
安装
将R放入计算机环境路径中,例如your_directory \ R-4.0.0 \ bin \ x64
打开RStudio ...工具.
2021-06-28 15:16:32
7.43MB
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